GCTA(全基因組復雜性狀分析)工具開發目的是針對復雜性狀的全基因組關聯分析，評估SNP解釋的表型方差所占的比例(該網站地址：http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。目前GCTA工具可實現以下功能：
1 評估全基因組SNP的親緣關系（遺傳關系）
2 評估全基因組SNP的近交系數
3 評估所有的常染色體SNP對於變異的解釋度
4 評估遺傳方差與X-染色體的關聯
5 檢測遺傳方差對X-染色體的劑量補償效應
6 預測單個個體和單個SNP的全基因組加性遺傳效應
7 估計包含LD結構的目標SNP
8 根據觀察到的基因型數據模擬GWAS數據
9 轉化Illumina原始基因型數據為PLINK格式
10 在沒有個體層面的基因型數據下，條件與聯合分析GWAS的概括統計量
11 使用SNP數據估計兩個特性（疾病）的遺傳相關性
12 混合線性模型關聯分析