全基因組關聯分析（Genome-Wide Association Study，GWAS）流程
全基因組關聯分析流程： 一、准備plink文件 1、准備PED文件 PED文件至少有六列，內容如下： Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female ...
原文：Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-全基因組復雜性狀分析
GCTA 全基因組復雜性狀分析 工具開發目的是針對復雜性狀的全基因組關聯分析，評估SNP解釋的表型方差所占的比例 該網站地址：http: cnsgenomics.com software gcta 。目前GCTA工具可實現以下功能： 評估全基因組SNP的親緣關系 遺傳關系 評估全基因組SNP的近交系數 評估所有的常染色體SNP對於變異的解釋度 評估遺傳方差與X 染色體的關聯 檢測遺傳方差對X 染色 ...
2016-10-21 22:03 0 1416 推薦指數：
相關推薦
利用GCTA工具計算復雜性狀/特征（Complex Trait）的遺傳相關性（genetic correlation）
如文章“Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-全基因組復雜性狀分析”中介紹的GCTA，是一款基於全基因組關聯分析發展的分析工具，除了計算不同性狀/表型間（traits）的遺傳相關性外，還可以計算親緣關系、近交系數……，下面簡單介紹如何利用GCTA計算 ...
如何識別自己基因組數據是哪個全基因組參考版本（Genome Reference Versions/ Genome Build）
首先在這里先感謝我們【Bio生信學習交流群】的群友和創建此群的群主【陳博士后】。 今天解決的問題是怎么查看自己的基因組數據是哪個Genome Reference Versions。 步驟： 第一步，打開你的基因組數據bim文件（Plink格式），隨便找一個 ...
GWAS 全基因組關聯分析 | summary statistic 概括統計 | meta-analysis 綜合分析
2帶。 等位基因其實是一個集合，在同一個locus出現得基因型互為等位基因。Aa不能叫等位基因，正確的邏 ...
GWAS全基因組關聯分析
出處：bilibili 關聯分析（Association）：在交易數據、關系數據或其他信息載體中 ...
全基因組關聯分析（GWAS）的計算原理
前言 關於全基因組關聯分析（GWAS）原理的資料，網上有很多。 這也是我寫了這么多GWAS的軟件教程，卻從來沒有寫過GWAS計算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可愛提問能否寫一下GWAS的計算原理。我一順口就答應了。 后面一直很懶，不願意動筆，但想着既然答應了，不寫說不過去。 我寫 ...
一個全基因組重測序分析實戰
Original 2017-06-08 曾健明 生信技能樹 這里選取的是 GATK best practice 是目前認可度最高的全基因組重測序分析流程，尤其適用於 人類研究。 PS：其實本文應該屬於直播我的基因組系列，有兩個原因把它單獨拿出來 ...
全基因組測序及數據分析基礎
，可多種幾款流程比較。 實際上SV結果中會包含CNV，但往往會把CNV單獨拿出來分析。 ...