原文:參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟 Genome Reference Consortium ,它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh Genome Reference Consortium Human Build ,GRCh 在UCSC基因組瀏覽器中還有個小名 hg ,這個小 ...

2021-06-12 12:52 0 1267 推薦指數:

查看詳情

轉錄入門(4):了解參考基因組基因注釋

任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組; 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
【轉錄入門】4:參考基因組和注釋文件

作業要求: 在UCSC下載hg19參考基因組,我博客有詳細說明,從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看你感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作業,截圖幾個基因的IGV可視化結構!還可以下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖基因結構 ...

Sun Jul 01 05:27:00 CST 2018 0 9768
從NCBI中下載各物種參考基因組

1. 打開NCBI 2. 輸入物種名,以HPV為例: 搜索,到genomes分欄下面選擇Assembly點擊進去 3. 進去下面的界面,再點擊RefSeq進入下載界面 4. 進入下載界面: HPV參考基因組下載界面:https ...

Tue Dec 07 23:23:00 CST 2021 0 5616
參考基因組及注釋文件下載

從三大核酸數據庫NCBI、Ensembl、UCSC 下載參考序列及注釋文件 0.人類基因組版本對應關系 NCBI Ensembl UCSC GRCh36 release_52 hg18 ...

Fri Sep 21 00:44:00 CST 2018 0 11029
參考基因組fasta文件添加index

參考基因組fasta文件添加index 命令一 命令二 (投遞任務時,500M內存夠用) 命令三 這三個命令下來,建立的參考基因組的index夠大部分生信流程用 ...

Wed Mar 10 23:50:00 CST 2021 0 268
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM