NextDenovo 組裝基因組

NextDenovo 是有武漢未來組團隊開發出來用於組裝ONT，Pacbio, HIFI (默認參數可對60-100X數據更有效)，可通過correct--assemble對其進行組裝。組裝后，每個鹼基正確率為98-99.8%， 可進一步通過NextPolish進行polish。

具體詳情可閱讀githup即可，https://github.com/Nextomics/NextDenovo

1 安裝

需要如下：

• Python (Support python 2 and 3):
• Psutil
• Drmaa (PBS等系統)

wget https://github.com/Nextomics/NextDenovo/releases/download/v2.4.0/NextDenovo.tgz
tar -vxzf NextDenovo.tgz && cd NextDenovo

## 測試
nextDenovo test_data/run.cfg

2 簡單使用

• Step1 准備輸入文件

ls ultra-long-ont.fastq.gz > input.fofn

• Step2 配置文件

[General]
job_type = local # sge, pbs
job_prefix = nextDenovo
task = all # all, correct, assemble ；可以進行針對性選擇
rewrite = yes # yes/no； 再次運行是否覆蓋之前結果
deltmp = yes
parallel_jobs = 22 # tasks 
input_type = raw #  raw, corrected； 輸入數據是否是correct
read_type = ont # clr, ont, hifi； 輸入數據類型
input_fofn = input.fofn # reads 文件
workdir = HG002_NA24385_son_assemble # 輸出文件

[correct_option]
read_cutoff = 1k
genome_size = 3g # estimated genome size 基因組大小評估
sort_options = -m 50g -t 30
minimap2_options_raw = -t 8
pa_correction = 5
correction_options = -p 30

[assemble_option]
minimap2_options_cns = -t 8
nextgraph_options = -a 1

• Step3 運行

nohup nextDenovo run.cfg &

最終結果

• corrected reads

HG002_NA24385_son_assemble/02.cns_align/01.seed_cns.sh.work/seed_cns*/cns.fasta

• Final assembly result:

HG002_NA24385_son_assemble/03.ctg_graph/nd.asm.fasta

后續可進行三代以及二代對糾錯即可

歡迎掃碼交流

參考

• https://github.com/Nextomics/NextDenovo
• https://nextdenovo.readthedocs.io/en/latest/TEST1.html