MEGAN（Metagenome Analyzer）是宏基因組學進行物種和功能研究的常用軟件，實際上現在的Diamond+MEGAN6已經是一套比較完整的物種和功能注釋流程了。
但是由於各種原因，我們在流程中使用的並非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差別較大，尤其在命令行模式下。網上的關於這方面的資料也寥寥無幾，這里簡單記錄下使用方法，主要是針對Linux平台的使用。
MEGAN的GUI版相對友好，如果你在Windows平台使用過該軟件，那么在Linux上使用和理解起來相對容易些。
MEGAN 4
歷史悠久，基本上已經淘汰了。命令行直接配置參數即可，貌似也不要license。
示例如下：
xvfb-run.sh --auto-servernum --server-num=1 \\
MEGAN +g -x \\
"import blastfile=all.blastout_m8.add_taxoid meganfile=all.rma ;\\
recompute toppercent=5;\\
recompute minsupport=1;\\
update;\\
collapse rank=Species;\\
update;\\
select nodes=all;\\
export what=CSV format=readname_taxonid separator=tab file=all.result;\\
update;\\
close"
Megan的參數非常之多，以上僅列出了一些最主要的參數，+g表示開啟非圖形模式（即命令行模式），-x后接引號內的MEGAN參數，更多可參考MEGAN4 Manual。除了導入、導出之外，其中toppercent表示取比對數目的前百分之多少，minsupport表示至少取一條，collapse表層級折疊，select nodes表示選擇方式。命令行中參數是一行一行處理的，所以要加入updates來鏈接命令。
MEGAN 5
主頁download。需要用教育網郵箱注冊獲取license，將License certificate內容新建一個名為MEGAN5-academic-license.txt的文件保存。命令行使用時通過-L參數來指定它。
另外，MEGAN5需要新建一個參數配置文件，類似MEGAN4中的引號內容，以便MEGAN解析。為避免不同版本的差異，更多參數最好查看MEGAN5 Manual。
例如，制作參數文件command.txt如下：
load taxRefSeqFile='./MEGAN/database/prot_acc2tax-Jul2019X1.abin';
import blastFile=Redtide.blastnr.all fastaFile=Redtide.fa meganFile=tab.rma blastFormat=BlastTAB;
recompute toppercent=5;
recompute minsupport=1;
update;
collapse rank=Species;
update;
select nodes=all;
export what=CSV format=readname_taxonid separator=tab file=tab.result;
update;
quit;
網上有些很舊的資料，如http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=43535加載的是load taxGIFile=gi_taxid_prot.bin文件，但是GI號NCBI已經不再維護了，所以目前這個文件想下都下不到。包括blast比對的結果也不再顯示GI號，僅顯示accessionID。關於ID的解釋，生信技能樹有一篇總結比較全面，不了解的可以參考下。比較一下NCBI的blast結果以前的和現在的區別：
現在MEGAN官網能下的數據庫如下（與MEGAN6共用）：
https://software-ab.informatik.uni-tuebingen.de/download/megan6/welcome.html
所以在參數文件中務必使用taxRefSeqFile=參數，而非taxGIFile=。
命令行運行：
xvfb-run.sh --auto-servernum --server-num=1 /software/bin/MEGAN/MEGAN -L MEGAN/MEGAN5-academic-license.txt -g -E -c command.txt
# 或
xvfb-run.sh --auto-servernum --server-num=1 /software/bin/MEGAN/MEGAN -L MEGAN/MEGAN5-academic-license.txt -g -E < command.txt
使用xvfb是為了虛擬化屏幕，在Linux上我們不想要MEGAN顯示圖形界面，阻止窗口彈出，只要它在運行就行了。不過這個工具如果在你們集群平台上沒裝，而你又沒root權限的話，就得搗鼓半天了。
運行megan這一步一開始生成rma文件，導出后可得到accessionID和taxID的對應關系。
接下來可以寫個腳本通過Taxonomy數據庫（下載地址）中的names.dmp和nodes.dmp文件得到物種注釋的結果了。
MEGAN 6
MEGAN6有Community Edition和Ultimate Edition兩個版本（download），因為后者需要license key，我試了下社區版的，貌似不支持Linux平台。
$ sh MEGAN_Community_unix_6_17_0.sh
No suitable Java Virtual Machine could be found on your system.
The version of the JVM must be at least 11.
Please define INSTALL4J_JAVA_HOME to point to a suitable JVM.
最終版本的MEGAN6命令行模式后續如果有需求再試試吧，應該和5差不多，因為兩者的數據庫文件都通用了。具體可參考MEGAN6 Manual。
Ref:
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwNTEwMTUyOQ==&mid=2649693810&idx=2&sn=0264e78fac1dc6ffd3b8a3f6027e3669&chksm=8f2dbec4b85a37d23526e1996837f5f1ebcd41c220dde631855e6d27278c349fc1890ff45aba&scene=4#wechat_redirec
http://megan.informatik.uni-tuebingen.de/t/welcome-to-megan-metagenome-analyzer-community/8
http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102wh7j.html
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1800929/pdf/377.pdf