原文:【宏基因組】MEGAN4,MEGAN5和MEGAN6的Linux安裝和使用

MEGAN Metagenome Analyzer 是宏基因組學進行物種和功能研究的常用軟件,實際上現在的Diamond MEGAN 已經是一套比較完整的物種和功能注釋流程了。 但是由於各種原因,我們在流程中使用的並非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差別較大,尤其在命令行模式下。網上的關於這方面的資料也寥寥無幾,這里簡單記錄下使用方法,主要是針對Linux平台的使用。 MEGAN的GUI版相對 ...

2019-10-28 10:05 0 382 推薦指數:

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宏基因組測序及分析

宏基因組測序: 濃度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA兩次需要量>=3ug 宏基因組測序需要提供什么樣品要求? (1)提供環境微生物的基因組DNA或者擴增產物,OD值在1.8 ...

Wed Aug 02 05:39:00 CST 2017 0 1129
在物種水平上的宏基因組比對分析流程

文章鏈接:http://biorxiv.org/content/early/2016/10/15/081141 作者:Yee Voan Teo, Nicola Neretti 時間:2016.10.15 摘要: 許多宏基因組分類工具在宏基因組學領域 ...

Sun Nov 20 19:26:00 CST 2016 0 1550
MetaPhlAn 2:宏基因組進化分析

描述 MetaPhlAn是分析從物種水平分辨率宏基因組鳥槍法測序數據的微生物群落(細菌,古細菌,真核細胞和病毒)的組成的計算工具。從版本2.0,MetaPhlAn還能夠確定具體的菌株(在將樣品含有先前測序的菌株的不那么頻繁的情況下),並跟蹤跨越樣品菌株的所有物種。 MetaPhlAn 2依靠 ...

Thu Nov 17 18:20:00 CST 2016 0 1768
16S測序和宏基因組測序的區別

https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ http://www.sohu.com/a/146620511_769248 宏基因組測序(MetagenomicsSequencing)是對環境樣品中全部微生物的總DNA(也稱宏基因組 ...

Mon Feb 03 06:18:00 CST 2020 0 2809
擴增子、宏基因組測序問題集錦

擴增子常見問題 01 實驗室檢測的DNA濃度很高,送到公司檢測之后濃度卻比較低呢? 1、老師在實驗室多采用Nanodrop對DNA濃度進行檢測 ...

Thu Aug 03 08:13:00 CST 2017 0 3044
基因組注釋】GMAP安裝使用問題

homology策略預測基因結構,下載了公共mRNA/CDS序列,考慮用gmap比對。本來是個很簡單的腳本,但總是不那么順利。 無論是用conda安裝,還是源碼安裝較新版本,都存在問題。 第一步建立索引都沒問題。但比對時,沒報錯,出現如下: 結果是cds_gene.gff3除了表頭 ...

Fri Apr 16 06:43:00 CST 2021 0 336
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
 
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