【基因組注釋】GMAP安裝使用問題

homology策略預測基因結構，下載了公共mRNA/CDS序列，考慮用gmap比對。本來是個很簡單的腳本，但總是不那么順利。

無論是用conda安裝，還是源碼安裝較新版本，都存在問題。

gmap_build -D ./ -d reference reference.fa
gmap -t 10 -D ./ -d reference -f gff3_gene cds.fa > cds_gene.gff3

第一步建立索引都沒問題。但比對時，沒報錯，出現如下：

Pre-loading ref positions, kmer 15, interval 3......done (530,977,840 bytes, 0.01 sec)
Starting alignment
No paths found for XM_006664437.3
No paths found for XM_040529871.1
No paths found for XM_040529870.1
.....

結果是cds_gene.gff3除了表頭，一條結果都沒有。

在網上找了一圈，推薦版本降級，參考：https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/issues/88。

於是，我重新安裝了gmap-gsnap-2017-11-15.tar.gz，源碼編譯安裝。

wget -c http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2017-11-15.tar.gz
tar -xvf gmap-gsnap-2017-11-15.tar.gz
mkdir gmap
cd gmap-gsnap-2017-11-15
./configure --prefix=/path/biosoft/gmap
make && make install

安裝時間較新版本要長，再次使用時，雖然仍有少部分序列出現No paths found，但大部分還是正常的。看了下，那些沒比對上的基本上原本就是預測的。因此結果應該正常。