之間介紹過annovar進行對snp注釋，今天介紹snpEFF
SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes
詳細的說明請閱讀：
http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html
一、安裝
1 wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip 2 unzip snpEff_latest_core.zip 3 4 #會產生一個snpEff目錄 所有的程序都在這里面
二、配置自己的基因組和注釋文件
以菠菜（spinach）參考基因組為例子：
打開snpEFF文件夾下的snpEff.contig, 增加新的物種信息，可以在任意一行添加，個人建議在 # Databases & Genomes 添加
1 # spinach_v1 2 spinach_v1.genome : spinach
建立data文件夾並且建立名為spinach_v1的文件夾 (和上述對應)
1 mkdir -p data/spinach_v1
在該文件夾下存放兩個文件：
- sequences.fa
- genes.gff # (我用的是gff3格式，也可使gff2)
（一定按上述名字）
用build命令進行構建
1 # 在snpEff文件夾下運行命令 2 java -jar snpEff.jar build -gff3 -v spinach_v1 3 4 ## 參數 5 -v： 版本 6 -gff3：gff文件類型
三、開始注釋
1 java -jar snpEff.jar ann spinach_v1 input.vcf.gz > snpeff.vcf
同樣我們可以選擇以下參數簡化輸出
- -no-downstream
- -no-upstream
- -no-utr
- -no-intergenic
- -no-intron
比如說我們只關注CDS中的注釋信息，不考慮上游、下游、UTR、基因間區等信息
1 java -jar snpEff.jar ann -no-utr -no-downstream -no-upstream -no-intergenic spinach_v1 input.vcf.gz > snpeff.vcf
四、結果的說明
- snpEff_genes.txt
- snpEff_summary.html
兩個文件記錄總結性信息比較簡單
*.ann.vcf 是一個注釋結果文件，其就在vcf的info信息新添加了anno一列信息，其具體每個值含義如下：
- Allele
突變之后的鹼基，第一個突變位點由T鹼基突變成了C鹼基，對應Allel的值為C
- Annotation
由sequence ontology定義的突變類型
- Annotation_Impact
對變異位點有害程度的簡單評估，取值有HIGH, MODERATE, LOW, MODIFIER 4種，含義如下
- Gene_Name
基因名字
- Gene_ID
基因ID
- Feature_Type
想要分析的特征類型，transcript, motif, miRNA 等
- Feature_ID
根據Feature Type指定的特征，給出對應的ID
- Transcript_BioType
轉錄本類型, 通常采用Ensembl數據庫的轉錄本類型
- Rank
只有當變異位點位於基因區域時才有值，會給出變異位點所處的exon/intron的編號和該基因的exon/intron的總數，比如一個突變位點位於基因的第3個exon上，該基因一共有12個exon, 對應的Rank的值為3/12
當變異位點位於基因區域以外時，該字段的值為空
- HGVS.c
采用HGVS標准命名的基因水平的變異情況
- HGVS.p
采用HGVS標准命名的蛋白質水平的變異情況，只有當突變位點位於編碼區是才會有值
- cDNA.pos/cDNA.length
突變位點在cDNA上的位置/cDNA的總長度
- CDS.pos/CDS.length
突變位點在CDS上的位置/CDS的總長度
- AA.pos/AA.length
突變位點在氨基酸序列上的位置/氨基酸序列的總長度
- Distance
變異位點與最近的特征的距離，當變異位點位於基因間區時，會給出與最近的基因之間的距離；當變異位點位於exon區域時，會給出與最近的內含子邊界的距離，不同的情況，距離的定義不同。
- ERRORS/WARNINGS/INFO
對注釋結果的可靠程度進行評估，各種取值代表的含義如下圖
參考
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