基因組注釋
基因組注釋主要包括四個研究方向：重復序列的識別；非編碼RNA的預測；基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義：重復序列可分為串聯重復序列（Tendam repeat）和散在重復序列 ...
原文：【基因組注釋】GMAP安裝使用問題
homology策略預測基因結構，下載了公共mRNA CDS序列，考慮用gmap比對。本來是個很簡單的腳本，但總是不那么順利。 無論是用conda安裝，還是源碼安裝較新版本，都存在問題。 第一步建立索引都沒問題。但比對時，沒報錯，出現如下： 結果是cds gene.gff 除了表頭，一條結果都沒有。 在網上找了一圈，推薦版本降級，參考：https: github.com PASApipeline ...
2021-04-15 22:43 0 336 推薦指數：
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本文默認讀者有一定的生信基礎，沒有基礎的可以閱讀以前的筆記內容。 ============================================================ con ...
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簡介 tRNA：tRNA是mRNA翻譯到蛋白的步驟中根據密碼子搬運氨基酸的RNA。這個結構的最核心部位就是與密碼子配對的三位鹼基。tRNA長得像一個三葉草，大概76-90 bp，所以除了三位鹼 ...
使用BRAKER2進行基因組注釋
來自：https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2進行基因組注釋 BRAKER2是一個基因組注釋流程，能夠組合GeneMark，AUGUSTUS和轉錄組數據。 在使用軟件之前，有幾點需要注意下 盡量提供高質量的基因組。目前隨着三代 ...
【基因組注釋】ncRNA注釋
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參考基因組下載 基因組各版本的對應關系http://www.bio-info-trainee.com/1469.html GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75. ...
轉錄組入門(4)：了解參考基因組及基因注釋
任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組； 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件，並且用IGV去查看感興趣的基因的結構，比如TP53，KRAS，EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL，NCBI的gtf，也導入IGV看看，截圖 ...
SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)
之間介紹過annovar進行對snp注釋，今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...