描述
MetaPhlAn是分析從物種水平分辨率宏基因組鳥槍法測序數據的微生物群落（細菌，古細菌，真核細胞和病毒）的組成的計算工具。從版本2.0，MetaPhlAn還能夠確定具體的菌株（在將樣品含有先前測序的菌株的不那么頻繁的情況下），並跟蹤跨越樣品菌株的所有物種。
MetaPhlAn 2依靠〜1M唯一的特定分支，標記基因（標記信息文件可以在SRC / utils的/ markers_info.txt.bz2或在這里找到）從〜17000的參考基因組鑒定（〜13500細菌和古細菌，3500〜病毒，和〜110真核），使得：
- 明確的分類任務;
- 有機體相對豐度的准確估計;
- 對於細菌，古細菌，真核生物和病毒種級別分辨率;
- 菌種鑒定和跟蹤
- 幅度的加速比的訂單相比現有的方法。
- 宏基因組應變水平的人口基因組學
先決條件
MetaPhlAn需要Python 2.7版或更高argparse，臨時文件和numpy的安裝庫（除了為numpy的，他們通常與蟒蛇分布一起安裝）。現在還支持Python3。
如果提供的SAM輸出BowTie2作為輸入，沒有額外的前提條件。
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如果您想使用BowTie2集成在MetaPhlAn，你需要有BowTie2版本2.0.0或更高版本和Perl安裝（bowtie2需要在與執行系統路徑和讀權限）
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如果使用“utils的/ metaphlan_hclust_heatmap.py”的劇本繪制和聚類多MetaPhlAn異形樣本，還需要以下Python庫：matplotlib，SciPy的，pylab（如果不與MatPlotLib一起安裝）。
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如果要產生輸出為“BIOM”文件，你還需要BIOM安裝
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MetaPhlAn不緊密地與先進的熱圖密謀整合hclust2和進化樹可視化GraPhlAn。如果使用這樣的可視化工具，請參考他們的先決條件。
安裝： clone https://bitbucket.org/biobakery/metaphlan2
基本用法：
========== MetaPhlAn 2 分支- 豐 估計 =================
========== MetaPhlAn 2 株 跟蹤 ============================
INPUT_FILE 的 輸入 文件 可以 是： * 一個 FASTQ 文件 包含 宏基因組 讀取 或 * 一個 BowTie2 產生的 SAM 文件。 OR * 一個 中介 映射 文件 中 的 宏基因組 產生 由 一個 先前 MetaPhlAn 運行 如果 該 輸入 文件 的 丟失， 該 腳本 假定 是 在 輸入 時 提供 使用 的 標准 輸入， 或 命名 管道。 重要提示： 該 類型 的 輸入 需要 到 被 指定 與 - INPUT_TYPE OUTPUT_FILE 的 選項卡- 分隔 輸出 文件 中 的 預測 分類群 的相對 豐度 [ stdout中 ，如果 不 存在] 必需的 參數： - mpa_pkl MPA_PKL 的 元數據 腌制 MetaPhlAn 文件 - INPUT_TYPE { FASTQ ，FASTA ，multifasta ，multifastq ，bowtie2out ，SAM } 設置 是否 該 輸入 是 在 multifasta 文件 的 宏基因組 讀取 或 將 SAM 文件 中 的 映射 中 的 讀取 反對 在 MetaPhlAn 分貝。 [ 默認的 “ 自動” ， 我。Ë 。 該 腳本 將 嘗試 以 猜測 的 輸入 格式]