宏基因組測序: 濃度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA兩次需要量>=3ug 宏基因組測序需要提供什么樣品要求? (1)提供環境微生物的基因組DNA或者擴增產物,OD值在1.8 ...
描述 MetaPhlAn是分析從物種水平分辨率宏基因組鳥槍法測序數據的微生物群落 細菌,古細菌,真核細胞和病毒 的組成的計算工具。從版本 . ,MetaPhlAn還能夠確定具體的菌株 在將樣品含有先前測序的菌株的不那么頻繁的情況下 ,並跟蹤跨越樣品菌株的所有物種。 MetaPhlAn 依靠 M唯一的特定分支,標記基因 標記信息文件可以在SRC utils的 markers info.txt.bz ...
2016-11-17 10:20 0 1768 推薦指數:
宏基因組測序: 濃度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA兩次需要量>=3ug 宏基因組測序需要提供什么樣品要求? (1)提供環境微生物的基因組DNA或者擴增產物,OD值在1.8 ...
文章鏈接:http://biorxiv.org/content/early/2016/10/15/081141 作者:Yee Voan Teo, Nicola Neretti 時間:2016.10.15 摘要: 許多宏基因組分類工具在宏基因組學領域 ...
https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ http://www.sohu.com/a/146620511_769248 宏基因組測序(MetagenomicsSequencing)是對環境樣品中全部微生物的總DNA(也稱宏基因組 ...
擴增子常見問題 01 實驗室檢測的DNA濃度很高,送到公司檢測之后濃度卻比較低呢? 1、老師在實驗室多采用Nanodrop對DNA濃度進行檢測 ...
散點圖 數據點在直角坐標系平面上的分布圖。在宏基因組領域,散點圖常用於展示樣品組間的Beta多樣性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐標軸分析(PCoA/MDS)和限制條件的主坐標軸分析(CPCoA/CCA/RDA)。 Beta ...
出處:bilibili 關聯分析(Association):在交易數據、關系數據或其他信息載體中 ...
MEGAN(Metagenome Analyzer)是宏基因組學進行物種和功能研究的常用軟件,實際上現在的Diamond+MEGAN6已經是一套比較完整的物種和功能注釋流程了。 但是由於各種原因,我們在流程中使用的並非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差別較大,尤其在命令行模式下。網上 ...
(1)同源基因的查找 OrthoMCL or Orthofinder; (2)多序列比對 Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee, Muscle 效果好點 (3)調取保守區域,並收尾連接,形成supergene Gblocks ...