原文:在物種水平上的宏基因組比對分析流程

文章鏈接:http: biorxiv.org content early 作者:Yee VoanTeo,NicolaNeretti 時間: . . 摘要: 許多宏基因組分類工具在宏基因組學領域增長速度飛速。然而,在這個領域相近物種的分類仍然是一個挑戰。這里,我們用兩個宏基因組數據集,人類宏基因組數據和環境宏基因組數據對比MetaPhlAn , kallisto 和 Kraken的性能。研究表明ka ...

2016-11-20 11:26 0 1550 推薦指數:

查看詳情

宏基因組測序及分析

宏基因組測序: 濃度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA兩次需要量>=3ug 宏基因組測序需要提供什么樣品要求? (1)提供環境微生物的基因組DNA或者擴增產物,OD值在1.8 ...

Wed Aug 02 05:39:00 CST 2017 0 1129
MetaPhlAn 2:宏基因組進化分析

描述 MetaPhlAn是分析物種水平分辨率宏基因組鳥槍法測序數據的微生物群落(細菌,古細菌,真核細胞和病毒)的組成的計算工具。從版本2.0,MetaPhlAn還能夠確定具體的菌株(在將樣品含有先前測序的菌株的不那么頻繁的情況下),並跟蹤跨越樣品菌株的所有物種。 MetaPhlAn 2依靠 ...

Thu Nov 17 18:20:00 CST 2016 0 1768
五個網站查物種基因組大小

動物基因組大小(需翻牆) 植物已測序的基因組大小 真菌基因組大小 原核生物基因組大小 5.NCBI怎么缺呢 注:若如,可要查近源種 ...

Wed Jun 12 01:00:00 CST 2019 0 538
mVISTA 多序列比對葉綠體基因組

mVISTA可對2個或者多個DNA序列進行比較,可以對比對結果進行可視化。 詳情請大力戳這里 0 輸入文件說明 mVISTA 需要輸入的文件有如下幾類 必須文件 郵箱 fasta格式序列文件(或者GENBANK identifier) 上傳文件不得> 10 Mb ...

Tue Jan 26 17:41:00 CST 2021 0 752
16S測序和宏基因組測序的區別

https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ http://www.sohu.com/a/146620511_769248 宏基因組測序(MetagenomicsSequencing)是對環境樣品中全部微生物的總DNA(也稱宏基因組 ...

Mon Feb 03 06:18:00 CST 2020 0 2809
擴增子、宏基因組測序問題集錦

擴增子常見問題 01 實驗室檢測的DNA濃度很高,送到公司檢測之后濃度卻比較低呢? 1、老師在實驗室多采用Nanodrop對DNA濃度進行檢測 ...

Thu Aug 03 08:13:00 CST 2017 0 3044
從NCBI中下載各物種參考基因組

1. 打開NCBI 2. 輸入物種名,以HPV為例: 搜索,到genomes分欄下面選擇Assembly點擊進去 3. 進去下面的界面,再點擊RefSeq進入下載界面 4. 進入下載界面: HPV參考基因組下載界面:https ...

Tue Dec 07 23:23:00 CST 2021 0 5616
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM