基因結構預測中同源注釋策略，將mRNA、cDNA、蛋白、EST等序列比對到組裝的基因組中，在文章中通常使用以下比對軟件：
- tblastn
- gamp
- exonerate
- blat
根據我的實測，以上軟件整體都比較慢。gmap可設置多線程來提升速度。tblastn雖然也可以，但對提速沒什么影響。exonerate和gamp巨吃內存。
以下是跑的資源情況。我的組裝基因組約400Mb。tblastn的查詢序列311764條，gmap的查詢序列1483791條，exonerate的查詢序列43632條。
另有一款軟件 spaln：https://github.com/ogotoh/spaln，據說很快。但文檔比較費解，我懶得摸索，暫時還沒用起來。
因此，我的建議是如果你的服務器配置很高，首選gmap多設線程。配置不高或者想快速獲得結果情況下，可拆分query序列（蛋白/cDNA/mRNA/EST），進行並行比對，最后進行合並。尤其是tblastn之類的軟件，必須這樣才行。否則建議嘗試用spaln（影響力較低，沒用過，還不好說）。