SSR (Simple Sequence Repeat)，即簡單重復序列，是一種以PCR技術為核心的DNA分子標記技術，也稱為微衛星序列或者串聯重復。
簡單重復顧名思義就是以很短的序列為一個單元，比如5個鹼基（ACGTA），連續進行重復多次的重復。根據重復單元的長短，可將其細分為如下幾類。
- < 6 bp 微衛星DNA
- 10-60 bp 小衛星DNA
- 100-300 bp 衛星DNA
等。。。
今天介紹一款可用於鑒定基因組SSR的軟件，MISA 對葉綠體基因組進行SSR的鑒定，因為葉綠體基因組序列較短，所以在線即可快速完成。具體操作如下。
1 輸入數據
2 結果展示
本次我選用misa格式文件，其格式如下所示
ID SSR nr. SSR type SSR size start end
Sd 1 p1 (A)11 11 1549 1559
Sd 2 p5 (ATTTA)3 15 4323 4337
Sd 3 p1 (A)10 10 6020 6029
每一列
- 基因組ID
- SSR編號
- SSR類型，p1，就是重復單元長度為1
- SSR 大小
- 起始
- 終止
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