原文:MISA(在線)注釋葉綠體基因組SSR

SSR Simple Sequence Repeat ,即簡單重復序列,是一種以PCR技術為核心的DNA分子標記技術,也稱為微衛星序列或者串聯重復。 簡單重復顧名思義就是以很短的序列為一個單元,比如 個鹼基 ACGTA ,連續進行重復多次的重復。根據重復單元的長短,可將其細分為如下幾類。 lt bp 微衛星DNA bp 小衛星DNA bp 衛星DNA 等。。。 今天介紹一款可用於鑒定基因組SSR ...

2021-01-23 21:52 0 399 推薦指數:

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mVISTA 多序列比對葉綠體基因組

mVISTA可對2個或者多個DNA序列進行比較,可以對比對結果進行可視化。 詳情請大力戳這里 0 輸入文件說明 mVISTA 需要輸入的文件有如下幾類 必須文件 郵箱 f ...

Tue Jan 26 17:41:00 CST 2021 0 752
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
二代數據組裝葉綠體基因組

進行過濾,得到clean reads、 2 葉綠體參考基因組 因為葉綠體基因組非常的保守,因此,我選 ...

Mon Jan 25 21:09:00 CST 2021 0 540
基因組注釋】ncRNA注釋

目錄 1. ncRNA 2. 軟件 tRNA注釋 rRNA注釋 其他ncRNA注釋 3. 注釋 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等結果的統計 ...

Mon Oct 11 20:11:00 CST 2021 1 2029
轉錄入門(4):了解參考基因組基因注釋

任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組; 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)

之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
基因組序列注釋基因結構預測)

基因組組裝完后需要對基因組序列進行注釋注釋前首先得構建基因模型,有三種策略: 同源預測(homology-based prediction):有一些基因蛋白在相近物種間的保守型高,所以可以使用已有的高質量近緣物種注釋信息通過序列聯配的方式確定外顯子邊界和剪切位點 基於轉錄預測 ...

Sun Dec 22 01:29:00 CST 2019 0 4736
 
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