SSR (Simple Sequence Repeat)，即简单重复序列，是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术，也称为微卫星序列或者串联重复。
简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元，比如5个碱基（ACGTA），连续进行重复多次的重复。根据重复单元的长短，可将其细分为如下几类。
- < 6 bp 微卫星DNA
- 10-60 bp 小卫星DNA
- 100-300 bp 卫星DNA
等。。。
今天介绍一款可用于鉴定基因组SSR的软件，MISA 对叶绿体基因组进行SSR的鉴定，因为叶绿体基因组序列较短，所以在线即可快速完成。具体操作如下。
1 输入数据
2 结果展示
本次我选用misa格式文件，其格式如下所示
ID SSR nr. SSR type SSR size start end
Sd 1 p1 (A)11 11 1549 1559
Sd 2 p5 (ATTTA)3 15 4323 4337
Sd 3 p1 (A)10 10 6020 6029
每一列
- 基因组ID
- SSR编号
- SSR类型，p1，就是重复单元长度为1
- SSR 大小
- 起始
- 终止
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