mVISTA 多序列比对叶绿体基因组
mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较，可以对比对结果进行可视化。 详情请大力戳这里 0 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类 必须文件 邮箱 f ...
原文：MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR
SSR Simple Sequence Repeat ，即简单重复序列，是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术，也称为微卫星序列或者串联重复。 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元，比如 个碱基 ACGTA ，连续进行重复多次的重复。根据重复单元的长短，可将其细分为如下几类。 lt bp 微卫星DNA bp 小卫星DNA bp 卫星DNA 等。。。 今天介绍一款可用于鉴定基因组SSR ...
2021-01-23 21:52 0 399 推荐指数：
相关推荐
基因组注释
基因组注释主要包括四个研究方向：重复序列的识别；非编码RNA的预测；基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义：重复序列可分为串联重复序列（Tendam repeat）和散在重复序列 ...
二代数据组装叶绿体基因组
进行过滤，得到clean reads、 2 叶绿体参考基因组 因为叶绿体基因组非常的保守，因此，我选 ...
【基因组注释】ncRNA注释
目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等结果的统计 ...
转录组（四）：了解参考基因组及基因注释
参考基因组下载 基因组各版本的对应关系http://www.bio-info-trainee.com/1469.html GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75. ...
转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释
任务列表 1.在UCSC下载hg19参考基因组； 2.从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构，比如TP53，KRAS，EGFR等等。 3.截图几个基因的IGV可视化结构 4.下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图 ...
SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)
之间介绍过annovar进行对snp注释，今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...
基因组序列注释 （基因结构预测）
基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点 基于转录组预测 ...