基因組注釋
基因組注釋主要包括四個研究方向：重復序列的識別；非編碼RNA的預測；基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義：重復序列可分為串聯重復序列（Tendam repeat）和散在重復序列 ...
原文：【基因組注釋】同源注釋比對軟件tblastn、gamp和exonerate比較
基因結構預測中同源注釋策略，將mRNA cDNA 蛋白 EST等序列比對到組裝的基因組中，在文章中通常使用以下比對軟件： tblastn gamp exonerate blat 根據我的實測，以上軟件整體都比較慢。gmap可設置多線程來提升速度。tblastn雖然也可以，但對提速沒什么影響。exonerate和gamp巨吃內存。 以下是跑的資源情況。我的組裝基因組約 Mb。tblastn的查詢序列 ...
2021-04-16 12:11 0 576 推薦指數：
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