使用PAML進行分歧時間計算 PAML軟件中的mcmctree命令可以使用Bayesian方法估算物種分歧時間。 對程序輸入帶有校准點信息的有根樹、多序列比對結果，即可得到進化樹各內部節點 ...

StringTie 參考鏈接：https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input 參數簡介 StringTie的基 ...

在測序一個新物種時，首先需要對該物種的基因組結構有所了解，包括以下幾個內容： 基因組大小 重復片段大小 雜合度大小 基因組越大，雜合度也大，重復 ...

基因組組裝完后需要對基因組序列進行注釋。注釋前首先得構建基因模型，有三種策略： 同源預測(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物種間的保守型高，所以 ...

自然選擇是五種遺傳力（突變、重組、選擇、基因流、漂變）之一，選擇壓力分析更是進化分析中不可或缺的一項重要內容。 自然選擇的檢測 非同義替代與同義替換的比值，即：ω 值，也就是通常所說 ...

這些三代全長轉錄組測序的相關問題，可以幫到愛學習的我哦 1.什么是三代全長轉錄組測序 三代全長轉錄組測序，即利用PacBio三代測序平台對某一物種的mRNA進行測序研究。它以平均超 ...

Blat ​ Blat，全稱 The BLAST-Like Alignment Tool，可以稱為"類BLAST 比對工具"，對於DNA序列，BLAT是用來設計尋找95%及以上相似至少40個鹼基的序 ...

C含量分布圖 Per sequence GC content 這個圖理論上應該符合正態分布（也就是鍾形曲線），除非有過表達的序列( over-represented sequ ...

相較於其他三代四代數據組裝軟件（Canu（也可用於糾錯），smartdenovo，miniasm，Flye，TULIP，FALCON，FALCON-unzip等） wtdbg有如下優點： 安 ...

用Li Heng開發的Minimap+miniasm進行組裝，然后用racon+pilon進行糾錯。 三代測序拼裝軟件，三代測序平台 Nanopore / Pacbio 產生的數據的一個共同點就是， ...