samtools和bcftools使用说明
转自：http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行 ...
原文：BWA-Samtools-Bcftools SNP calling
SNP鉴定的标准流程有三个步骤： 一 mapping 使用BWA MEM将每个样本的测序数据比对到组装的参考序列。建立索引和比对： bwa index ref.fa bwa mem t ref.fa read .fq read .fq gt aln pe.sam 二 转换 samtools view bS aln pe.sam gt aln pe.bam samtools sort aln .ba ...
2018-03-14 17:42 0 1012 推荐指数：
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