比对工具之 BWA 使用方法
BWA算法简介： BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安装： BWA使用步骤： 使用BWA构建参考基因组的index数据库 BWA-MEM比对（BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少） 具体命令 ...
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BWA MEM算法
现在BWA大家基本上只用其mem算法了，无论是二代还是三代比对到参考基因组上，BWA应用得最多的就是在重测序方面。 Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv ...
Hisat2 bowtie2比对结果解读（Hisat2 Alignment summary）
RNA-seq数据的比对结果怎么解读？网上有很多人问，这里做一个大致的总结。 Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的，如下： Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...
SAM格式 及 比对工具之 samtools 使用方法
（plob） 这个学习急不来，而且比对非常重要，先把上面的官方SAM/BAM格式说明文件看透`Sequ ...
比对软件 - 专题
An illustration of relationships between alignment methods. The applications / correspondin ...
Difference between Hard Clip（H） and Soft Clip（S） in Samtools CIGAR string
一般人都知道 H 和 S 的表面上的区别，即 S 就是 soft， H 就是 hard，S 后，序列里还是会保留序列的信息，而 H 则不会。 -------------------------------------------后面都不用看了，H和S没有区别，比对软件不能发现嵌合体 ...
超短reads（primer、barcode、UMI、index等）比对方法
二代reads最短都有50bp，所以大家常用的比对工具都是不支持50bp以下的reads的比对的。 但是，在实际中，我们确实又有比对super short reads的需求。 So，我找到了如下方法来比对super short reads： 1.msa.sh，bbmap里的，好用，但是太慢 ...
为什么linux系统中init被systemd替换了
Linux init 进程是系统初始化进程，比较古老了，所以出现了一些新的替代方案： Upstart – A init replacement daemon implemented in Ubunt ...