samtools和bcftools使用說明
轉自：http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html samtools是一個用於操作sam和bam文件的工具合集。包含有許多命令。以下是常用命令的介紹 1. view view命令的主要功能是：將sam文件轉換成bam文件；然后對bam文件進行 ...
原文：BWA-Samtools-Bcftools SNP calling
SNP鑒定的標准流程有三個步驟： 一 mapping 使用BWA MEM將每個樣本的測序數據比對到組裝的參考序列。建立索引和比對： bwa index ref.fa bwa mem t ref.fa read .fq read .fq gt aln pe.sam 二 轉換 samtools view bS aln pe.sam gt aln pe.bam samtools sort aln .ba ...
2018-03-14 17:42 0 1012 推薦指數：
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