linux下bwa和samtools的安裝與使用

bwa的安裝流程
安裝本軟體總共需要完成以下兩個軟體的安裝工作：
1) BWA
2) Samtools

1.BWA的安裝
a.下載BWA (download from BWA Source Forge )

http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml
b.安裝BWA
$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2
c.編譯BWA
$ make

2.Samtools的安裝
a.下載Samtools (download from Samtools Source Forge )

http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml
b.安裝Samtools
$ tar -jxvf samtools-*.tar.bz2
c.編譯Samtools
$ make


bwa的使用流程
1.建立 Index
根據reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File
$ bwa index -a bwtsw human_hg18_ref.fa（human參考基因組19）
2.對reads進行mapping
如果是pair-end 數據（leftRead.fastq和rightRead.fastq）兩個文件分別處理
$ bwa aln reference.fa leftRead.fastq leftRead.sai
$ bwa aln reference.fa rightRead.fastq rightRead.sai
如果是single-end 數據，則
$ bwa aln reference.fa singleRead.fastq singleRead.sai
3.將mapping輸出文件*.sai處理成*.sam
如果是pair-end數據
$ bwa sampe -f pair-end.sam reference.fa leftRead.sai rightRead.sai leftRead.fastq rightread.fastq
如果是single-end數據
$ bwa samse -f single.sam reference.fa single.sai single.fastq

REF:

http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html

http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316587.html

http://www.plob.org/2014/01/26/7112.html

http://www.nikest.com/web/free/2014/1014/93144.html