第一次在Linux上不用root權限安裝軟件,查看了很多博客,並實踐安裝成功。大致總結了一下samtools的安裝過程,僅供大家參考,如有不對的地方,歡迎指正~
samtools安裝過程中依賴於lzma、htslib兩個包,所以在安裝samtools之前需要確保安裝了lzma、htslib。如果沒有安裝好,可以按照step1~step6,依次下載安裝xz-5.2.3、htslib-1.5、samtools,最后在驗證是否安裝成功(先下載好了安裝包)。
【step1】:先創建好自己軟件需要安裝到的目錄
mkdir -p ~/mysoft/softname
【step2】:添加環境變量
echo 'export PATH=/home/usrname/mysoft/softname/bin:$PATH'>>~./bashrc
【step3】:激活環境變量
source ~/.bashrc
【step4】:將軟件包解壓
tar jxvf softname.tar.bz2
【step5】:進入軟件目錄,配置軟件需要安裝的路徑(敲黑板,畫重點)
cd softname
./configure --prefix=/home/usrname/mysoft/softname(一般情況)
./configure --disable-lzma --prefix=/home/usrname/mysoft/softname(configure后,提示需要依賴lzma壓縮,此時可以在configure后添加參數設置 --disable-lzma,因為在這里有安裝xz-5.2.3來壓縮,所以選擇不依賴於lzma)
【step6】:編譯、安裝
make
make install
【step7】:驗證samtools是否安裝成功
samtools view