Samtools在Linux上非root權限的安裝


第一次在Linux上不用root權限安裝軟件,查看了很多博客,並實踐安裝成功。大致總結了一下samtools的安裝過程,僅供大家參考,如有不對的地方,歡迎指正~

samtools安裝過程中依賴於lzma、htslib兩個包,所以在安裝samtools之前需要確保安裝了lzma、htslib。如果沒有安裝好,可以按照step1~step6,依次下載安裝xz-5.2.3htslib-1.5samtools,最后在驗證是否安裝成功(先下載好了安裝包)。

 

【step1】:先創建好自己軟件需要安裝到的目錄

mkdir -p ~/mysoft/softname

【step2】:添加環境變量

echo 'export PATH=/home/usrname/mysoft/softname/bin:$PATH'>>~./bashrc

【step3】:激活環境變量

source ~/.bashrc

【step4】:將軟件包解壓

tar jxvf softname.tar.bz2

【step5】:進入軟件目錄,配置軟件需要安裝的路徑(敲黑板,畫重點

cd softname

./configure --prefix=/home/usrname/mysoft/softname(一般情況)

./configure --disable-lzma --prefix=/home/usrname/mysoft/softname(configure后,提示需要依賴lzma壓縮,此時可以在configure后添加參數設置 --disable-lzma,因為在這里有安裝xz-5.2.3來壓縮,所以選擇不依賴於lzma)

【step6】:編譯、安裝

make

make install

【step7】:驗證samtools是否安裝成功

samtools view


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