安裝： wget https://github.com/samtools/samtools/r ...

SNP鑒定的標准流程有三個步驟： 一、mapping 使用BWA MEM將每個樣本的測序數據比對到組裝的參考序列。建立索引和比對： $ bwa index ref.fa $ bwa mem –t 40 ref.fa read1.fq read2.fq > ...

第一次在Linux上不用root權限安裝軟件，查看了很多博客，並實踐安裝成功。大致總結了一下samtools的安裝過程，僅供大家參考，如有不對的地方，歡迎指正~ samtools安裝過程中依賴於lzma、htslib兩個包，所以在安裝samtools之前需要確保安裝了lzma、htslib ...

bwa的使用需要兩中輸入文件： Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna） Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根據reference genome ...

/Tutorial 安裝 由於 samtools 與 htslib , bcftools 經常結合使用，因此， ...

samtools faidx 能夠對fasta 序列建立一個后綴為.fai 的文件，根據這個.fai 文件和原始的fastsa文件， 能夠快速的提取任意區域的序列 用法： samtools faidx input.fa 該命令對輸入的fasta序列有一定要求：對於每條序列，除了最后一行 ...

功能如下： 1、View 　　主要功能講sam文件轉位bam文件。 涉及的參數： 　　-b 輸出bam格式。。默認是sam文件 　　-h 輸出的sam文件帶header。。默認不 ...

轉自：http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html samtools是一個用於操作sam和bam文件的工具合集。包含有許多命令。以下是常用命令的介紹 1. view view命令的主要功能是：將sam文件轉換成bam文件；然后對bam文件進行 ...