bwa用法

一 建立索引

　　比對之前，需要對fasta文件構建FM-index索引：bwa index -a bwtsw hg19.fasta  

　　生成 hg19.fasta.amb、hg19.fasta.ann、hg19.fasta.bwt、hg19.fasta.pac、hg19.fasta.sa四個文件。

　　起可參數 -a 有兩種構建index算法: bwtsw 大的基因組數據，必須大於10MB，比如人的全基因組. is 默認的算法，速度較快，需要較大的內存，不能構建大於2GB的數據庫

　　　　　　 -P  str  輸出數據庫的前綴，默認和輸入的文件名一致。

二 比對

1. 　aln：  bwa aln hg19.fasta fq1.gz > aln_sa1.sai

　　　　　　　  bwa aln hg19.fasta fq2.gz > aln_sa2.sai

　　　　　　　  bwa sampe hg19.fasta aln_sa1.sa aln_sa2.sai fq1.gz fq2.gz > aln.sam

 

http://starsyi.github.io/2016/05/24/BWA-%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%AF%A6%E8%A7%A3/