bwa的使用需要兩中輸入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根據reference genome ...
一 建立索引 比對之前,需要對fasta文件構建FM index索引:bwa index a bwtsw hg .fasta 生成 hg .fasta.amb hg .fasta.ann hg .fasta.bwt hg .fasta.pac hg .fasta.sa四個文件。 起可參數 a 有兩種構建index算法: bwtsw 大的基因組數據,必須大於 MB,比如人的全基因組. is 默認的算 ...
2017-01-02 22:04 0 5061 推薦指數:
bwa的使用需要兩中輸入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根據reference genome ...
名稱 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 內容 摘要 描述 命令行與選項 SAM 比對格式 短序列 ...
現在BWA大家基本上只用其mem算法了,無論是二代還是三代比對到參考基因組上,BWA應用得最多的就是在重測序方面。 Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv ...
BWA算法簡介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安裝: BWA使用步驟: 使用BWA構建參考基因組的index數據庫 BWA-MEM比對(BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少) 具體命令 ...
SNP鑒定的標准流程有三個步驟: 一、mapping 使用BWA MEM將每個樣本的測序數據比對到組裝的參考序列。建立索引和比對: $ bwa index ref.fa $ bwa mem –t 40 ref.fa read1.fq read2.fq > ...
bwa的安裝流程安裝本軟體總共需要完成以下兩個軟體的安裝工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安裝a.下載BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安裝BWA ...
一、使用GATK前須知事項: (1)對GATK的測試主要使用的是人類全基因組和外顯子組的測序數據,而且全部是基於illumina數據格式,目前還沒有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者實 ...
一、bwa比對軟件的使用 1、對參考基因組構建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 參數:is[默認] or bwtsw,即bwa構建索引的兩種算法,兩種算法都是基於BWT的(BWT search while the CIGAR string ...