原文:bwa用法

一 建立索引 比對之前,需要對fasta文件構建FM index索引:bwa index a bwtsw hg .fasta 生成 hg .fasta.amb hg .fasta.ann hg .fasta.bwt hg .fasta.pac hg .fasta.sa四個文件。 起可參數 a 有兩種構建index算法: bwtsw 大的基因組數據,必須大於 MB,比如人的全基因組. is 默認的算 ...

2017-01-02 22:04 0 5061 推薦指數:

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bwa的使用方法

bwa的使用需要兩中輸入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根據reference genome ...

Fri Mar 06 03:17:00 CST 2015 0 23426
BWA/BWT 比對軟件

名稱 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 內容 摘要 描述 命令行與選項 SAM 比對格式 短序列 ...

Sun Jul 09 18:52:00 CST 2017 0 6091
BWA MEM算法

現在BWA大家基本上只用其mem算法了,無論是二代還是三代比對到參考基因組上,BWA應用得最多的就是在重測序方面。 Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv ...

Wed Dec 28 01:32:00 CST 2016 0 11415
比對工具之 BWA 使用方法

BWA算法簡介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安裝: BWA使用步驟: 使用BWA構建參考基因組的index數據庫 BWA-MEM比對(BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少) 具體命令 ...

Tue Jun 21 02:59:00 CST 2016 0 14164
BWA-Samtools-Bcftools SNP calling

SNP鑒定的標准流程有三個步驟: 一、mapping 使用BWA MEM將每個樣本的測序數據比對到組裝的參考序列。建立索引和比對: $ bwa index ref.fa $ bwa mem –t 40 ref.fa read1.fq read2.fq > ...

Thu Mar 15 01:42:00 CST 2018 0 1012
linux下bwa和samtools的安裝與使用

bwa的安裝流程安裝本軟體總共需要完成以下兩個軟體的安裝工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安裝a.下載BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安裝BWA ...

Fri Mar 06 03:06:00 CST 2015 0 12620
【轉】GATK使用方法詳解(包含bwa使用)

一、使用GATK前須知事項: (1)對GATK的測試主要使用的是人類全基因組和外顯子組的測序數據,而且全部是基於illumina數據格式,目前還沒有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者實 ...

Thu Dec 31 00:45:00 CST 2015 0 4801
bwa比對軟件的使用以及其結果文件(sam)格式說明

一、bwa比對軟件的使用 1、對參考基因組構建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 參數:is[默認] or bwtsw,即bwa構建索引的兩種算法,兩種算法都是基於BWT的(BWT search while the CIGAR string ...

Sat May 18 21:06:00 CST 2019 0 2596
 
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