原文:tRNAscan-SE 預測tRNA基因

tRNAscan SE 軟件可以根據輸入的基因組序列,預測對應的tRNA的基因 在線的tRNAscan SE的鏈接如下:http: lowelab.ucsc.edu tRNAscan SE 如下圖所示,只需要輸入fasta 格式的序列,選擇對應的物種類型和其他的一些選項,點擊運行按鈕即可 結果界面如下: 首先是預測的tRNA基因 表頭解釋如下: Sequence Name : 輸入的用於預測tRN ...

2017-06-29 11:16 0 1749 推薦指數:

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如何注釋基因組中的tRNA + 安裝tRNAscan-SE

簡介 tRNAtRNA是mRNA翻譯到蛋白的步驟中根據密碼子搬運氨基酸的RNA。這個結構的最核心部位就是與密碼子配對的三位鹼基。tRNA長得像一個三葉草,大概76-90 bp,所以除了三位鹼基,識別其二維結構,是為了知道如何折疊成三葉草。 tRNAscan-SE用 Perl 整合 ...

Thu Jul 27 05:05:00 CST 2017 0 1710
tRNAscan-SE

tRNAscan-SE是一款可以在基因組上掃描tRNA的序列,也就是說你給定一組基因序列(fasta數據格式),可以用這個軟件去預測這個序列是不是tRNA.具體的實現原理,我不搞生物,所以也就不太明白。tRNAscan-SE是在linux下運行的。 tRNAscan-SE有兩種 ...

Sun Oct 12 18:09:00 CST 2014 0 2221
基於PASA進行基因預測

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool tha ...

Tue Mar 10 23:39:00 CST 2020 0 2124
tRNA 二級結構預測可視化

tRNAdb 收錄了來自104個物種的623條tRNA 序列,從數據庫中下載對應物種的tRNA 序列和二級結構,以人為例 打開下面的鏈接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物種輸入為 human , 然后點 ...

Mon Mar 27 21:54:00 CST 2017 0 1604
基因組序列注釋 (基因結構預測

基因組組裝完后需要對基因組序列進行注釋。注釋前首先得構建基因模型,有三種策略: 同源預測(homology-based prediction):有一些基因蛋白在相近物種間的保守型高,所以可以使用已有的高質量近緣物種注釋信息通過序列聯配的方式確定外顯子邊界和剪切位點 基於轉錄組預測 ...

Sun Dec 22 01:29:00 CST 2019 0 4736
 
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