tRNAscan-SE

    tRNAscan-SE是一款可以在基因組上掃描tRNA的序列，也就是說你給定一組基因序列（fasta數據格式），可以用這個軟件去預測這個序列是不是tRNA.具體的實現原理，我不搞生物，所以也就不太明白。tRNAscan-SE是在linux下運行的。

   tRNAscan-SE有兩種使用方法。

   1）tRNAscan-SE的網頁版（http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE），但是可能不方便也有一些文件大小限制。

   2）tRNAscan-SE的本地安裝。通過下載package，直接在linux運行環境下安裝該環境。

       步驟：

•        $ wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz
•        $ tar zxf tRNAscan-SE.tar.gz
•        $cd tRNAscan-SE-1.3.1
  
•        $ make && make install
•        $ make testrun

   

    這樣就說明軟件配置成功！

    現在就開始預測一段基因序列：

    常用命令：

     $ tRNAscan-SE -o tRNA.out -f rRNA.ss -m tRNA.stats  /home/gjs/fasta/h.fa

      

      

      我們可以看到總共會輸出三個文件出來，分別是tRNA.out、tRNA.stats、tRNA.ss. 像我們這樣的人只要看第一個文件就ok了。

      tRNA.out文件里面會輸出我們的測試序列中tRNA的位置信息。

      

      我們可以自己改變命令的參數，由於有時候我們要測試很多份數據，每次都需要認為刪除或重寫三個輸出文件，為了方便我們可以寫個shell腳本，方便使用。

#！bin/sh
rm -rf /home/gjs/tRNA.out
rm -rf /home/gjs/rRNA.ss
rm -rf /home/gjs/tRNA.stats
$ tRNAscan-SE -o tRNA.out -f rRNA.ss -m tRNA.stats  $2

    這樣我們就可以直接調用shell腳本了。