tRNAscan-SE 軟件可以根據輸入的基因組序列，預測對應的tRNA的基因
在線的tRNAscan-SE的鏈接如下：http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/
如下圖所示，只需要輸入fasta 格式的序列，選擇對應的物種類型和其他的一些選項，點擊運行按鈕即可
結果界面如下：
首先是預測的tRNA基因
表頭解釋如下：
Sequence Name : 輸入的用於預測tRNA的序列名稱
tRNA # : 預測到的tRNA的個數
Predicted tRNA Structure : 預測到的tRNA二級結構
Similar tRNA in GtRNAdb ： 在GtRNAdb 數據庫中的相似的tRNA
tRNA Begin : tRNA基因的起始位置
tRNA End : tRNA 基因的終止位置
tRNA Type : tRNA 的類型，該tRNA轉運的氨基酸的類型
Anticodon : 反義密碼子
Intro Begin : 內含子的起始位置
Intro End : 內含子的終止位置
Infernal Score :
Pseudo:
Isotype Model :
Isotype Score :
tRNA 類型：
tRNAscan-SE 會根據反義密碼子和 Isotype Model 兩種方法預測tRNA的類型，對於每個tRNA, 分別給出反義密碼子和 Isotype Model 預測的結果，以及兩種結果預測的一致性，其中isotype model 會對每一種氨基酸進行打分，選得分最高的作為最終的結果
tRNA 二級結構預測的結果：
Str 代表的就是二級結構，其中每個< 和每個 > 是配對的，代表在二級結構中這連個鹼基是連在一起的
最后是對應的tRNAscan-SE的命令行程序：
