tRNAdb 收錄了來自104個物種的623條tRNA 序列,從數據庫中下載對應物種的tRNA 序列和二級結構,以人為例
打開下面的鏈接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物種輸入為 human , 然后點擊 search database 數據框
在檢索結果頁面的底部,可以下載對應的tRNA序列和二級結構
選擇 Doload FASTAstructure 選項,就會下載對應的文件,序列格式為
>tdbD00000241|Homo_sapiens|9606|Ala|TGC GGGGGTGTAGCTCAGTGGTAGAGCGCATGCTTTGCATGTATGAGGCCTCGGTTCGATCCCCGACACCTCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(.((.......)).).))))))).
類似fasta 序列,只不過在序列之后,還有一行信息,描述了RNA的二級結構;
利用 http://rna.tbi.univie.ac.at/forna/ 在線工具對tRNA的二級結構進行可視化
點擊左上角的Add Molecule 下拉菜單,選擇Add Sequence and Secondary Structure 選項
在彈出的對話框中,輸入對應的序列和二級結構信息
點擊Submit 按鈕,就會生成如下所示的圖,還有選多的選項可以調整圖片,就不一一贅述了
生成的圖片支持導出SVG, png等格式;到此,大功告成!