tRNA 二級結構預測可視化


 

 tRNAdb 收錄了來自104個物種的623條tRNA 序列,從數據庫中下載對應物種的tRNA 序列和二級結構,以人為例

打開下面的鏈接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物種輸入為 human ,  然后點擊 search database 數據框

 

 在檢索結果頁面的底部,可以下載對應的tRNA序列和二級結構

 

 選擇 Doload FASTAstructure 選項,就會下載對應的文件,序列格式為

>tdbD00000241|Homo_sapiens|9606|Ala|TGC
GGGGGTGTAGCTCAGTGGTAGAGCGCATGCTTTGCATGTATGAGGCCTCGGTTCGATCCCCGACACCTCCA
(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(.((.......)).).))))))).

類似fasta 序列,只不過在序列之后,還有一行信息,描述了RNA的二級結構;

利用 http://rna.tbi.univie.ac.at/forna/ 在線工具對tRNA的二級結構進行可視化

點擊左上角的Add Molecule 下拉菜單,選擇Add Sequence and Secondary Structure 選項

 在彈出的對話框中,輸入對應的序列和二級結構信息

 

 點擊Submit 按鈕,就會生成如下所示的圖,還有選多的選項可以調整圖片,就不一一贅述了

 生成的圖片支持導出SVG, png等格式;到此,大功告成!


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