1、蛋白質二級結構預測方法


蛋白質二級結構的預測通常被認為是蛋白結構預測的第一步,二級結構是指α螺旋和β折疊等規則的蛋白質局部結構元件。不同的氨基酸殘基對於形成不同的二級結構元件具有不同的傾向性。按蛋白質中二級結構的成分可以把球形蛋白分為全α蛋白、全β蛋白、α+β蛋白和α/β蛋白等四個折疊類型。預測蛋白質二級結構的算法大多以已知三維結構和二級結構的蛋白質為依據,用過人工神經網絡、遺傳算法等技術構建預測方法。

 

 

基本的二級結構

 

α螺旋,β折疊, β轉角,無規則卷曲(coils)以及模序(motif)等蛋白質局部結構組件。

 

 

分析方法

 

基於統計和機器學習方法進行預測:

  1. Chou-Fasman算法

  2. PHD算法

  3. 多序列列線預測

  4. 基於神經網絡的序列預測

  5. 基於已有知識的預測方法(knowledge based method)

  6. 混合方法(hybrid system method)

 

 

PredictProtein工具簡介

 

工具地址:

http://www.predictprotein.org/

 

  • 可以獲得功能預測、二級結構、基序、二硫鍵結構、結構域等許多蛋白質序列的結構信息。

  • 該方法的平均准確率超過72%,最佳殘基預測准確率達90%以上。因此,被視為蛋白質二級結構預測的標准

  • 用戶需要注冊ID驗證E-mail后,才能使用PredictProtein工具。

 

 

如何使用PredictProtein工具

 

 

 

PredictProtein提交界面

 

 

PredictProtein分析方法

 

 

重要的算法:

  1. PROFsec(α螺旋,β折疊等基本二級結構預測)

  2. PHDhtm(典型跨膜螺旋區預測)

  3. ProSite(特征Motif識別方法)

 

 

PredictProtein分析結果詳解

 

 

ProSite模體搜索結果:

 

 

二硫鍵位置預測結果:

 

 

PHD跨膜螺旋區預測結果:

 

 

PROF二級結構預測結果:

 

 

今天對蛋白二級結構預測工具PredictProtein的介紹就到這里啦,感謝論壇網友一心的分享,感興趣的同學可以去鼓搗一下~


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