原文:1、蛋白質二級結構預測方法

原創 omicshare.com基迪奧生物 蛋白質二級結構的預測通常被認為是蛋白結構預測的第一步,二級結構是指 螺旋和 折疊等規則的蛋白質局部結構元件。不同的氨基酸殘基對於形成不同的二級結構元件具有不同的傾向性。按蛋白質中二級結構的成分可以把球形蛋白分為全 蛋白 全 蛋白 蛋白和 蛋白等四個折疊類型。預測蛋白質二級結構的算法大多以已知三維結構和二級結構的蛋白質為依據,用過人工神經網絡 遺傳算法等 ...

2017-06-15 14:32 0 11882 推薦指數:

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蛋白質結構模建初探

目錄 相關鏈接 蛋白質模建的幾種方法 同源模建 折疊識別 從頭預測 綜合方法 實地操作&預測結果 路線 預測結果 Swiss ...

Fri Apr 17 07:19:00 CST 2020 0 592
AI 預測蛋白質結構「GitHub 熱點速覽 v.21.29」

作者:HelloGitHub-小魚干 雖然 AI 領域藏龍卧虎,但是本周預測蛋白質結構的 alphafold 一開源出來就刷爆了朋友圈,雖然項目與我無關,但是看着科技進步能探尋到生命機理,吃瓜群眾也有點小激動。雖然不能參與這個了不起的項目,但是我們可以手持編程書籍參與 ...

Tue Jul 20 17:12:00 CST 2021 0 453
蛋白質結構模型和功能預測:Swiss-model工具的使用

Swiss-model也是一款預測蛋白質結構模型的工具。網頁地址:https://swissmodel.expasy.org/ 首先,進行常規的注冊后,點擊start modelling 以搜索BRCA1蛋白質為例: 進入NCBI的protein網頁:https ...

Sat Dec 02 01:07:00 CST 2017 0 10979
蛋白質組DIA深度學習之譜圖預測

目錄 1. 簡介 2. 近幾年發表的主要工具 1.DeepRT 2.Prosit 3. DIANN 4.DeepDIA 1. 簡介 基於串聯質譜的蛋白質組學大部分是依賴於數據庫(database search ...

Thu Aug 06 00:48:00 CST 2020 0 2136
氨基酸,多肽,蛋白質

一、氨基,羧基和氨基酸 氨基:-NH2 氨基是基本鹼基,大多數含有氨基的有機物都有一定鹼的特性。氨基是一個活性大、易被氧化的基團。 羧基:-COOH。分子中具有羧(念suo)基的化合物稱為羧酸。 氨基酸,結構中含有胺基和羧基,並且胺基和羧基都是直接連接在一個-CH-結構上的有機化合 ...

Mon Jul 26 07:36:00 CST 2021 0 318
蛋白質基因組】Proteogenomics方法介紹及分析思路

概念 利用蛋白質組學數據,結合基因組數據(DNA)、轉錄組數據(RNA)來研究基因組注釋問題,被稱為蛋白質基因組學。“蛋白質基因組學”一詞由Jaffe 等於2004 年首次提出,作者采用串聯質譜數據匹配DNA翻譯得到氨基酸序列的方法,在僅有810 kb 大小的細菌基因組上直接鑒定開放閱讀框 ...

Tue Mar 10 06:49:00 CST 2020 0 1302
【4】蛋白質組學鑒定軟件之MSGFPlus

目錄 1.簡介 2.安裝運行 3.結果 1.簡介 MSGF+也是近年來應用得比較多的蛋白鑒定軟件。java寫的,2008年初次發表JPR,2014年升發表NC,免費開源,持續更新維護,良心軟件。而且,有研究者對不同蛋白質組學鑒定軟件進行比較分析 ...

Sat Aug 29 01:53:00 CST 2020 0 836
 
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