Diamond軟件比對蛋白質數據庫

參考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html    http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny3.html

1. 下載、安裝

     下載地址：https://github.com/bbuchfink/diamond

    $ tar xzf diamond-linux64.tar.gz

2. 使用

  建立索引

      $ diamond makedb --in nr.faa -d nr

 比對：

      $ diamond blastx -d nr -q reads.fasta -o matches.m8 --sensitive -b 16.0 -e 1e-5

    -q：可以是fasta或fastq（可以是壓縮的）

    --taxonmap ：后接文件，蛋白質accession 號對應的物種id，下載地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz

    --sensitive：比對長片段

    --more-sensitive：比對長片段

    --outfmt/-f：0 BLAST pairwise format
                       5 BLAST XML format

                       6 BLAST tabular format (默認) ，可以自己設置，與blast+相似，如：--outfmt '6 qseqid qlen sseqid slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids'

                                                                                                                              默認:               qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore

                      100 DIAMOND alignment archive (DAA)

                      101 SAM format

     --max-target-seqs/-k：最大比對輸出數，默認25，（1，則輸出最好的那個）

     --evalue/-e：默認0.001

     --block-size/-b ：使用內存，默認值2.0則為12G，

     --threads/-p：CPU線程數，默認使用所有的