原文:Diamond軟件比對蛋白質數據庫

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2018-01-31 17:56 0 1231 推薦指數:

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Uniprot 數據庫-最常用的蛋白質數據庫

Uniprot 數據庫是收錄信息最全面的蛋白質數據庫,包含swissport, uniparc, TrEMBL 3個子數據庫; 其中swiss-prot 是手工核對過的 ,非冗余, 有詳細注釋信息的蛋白數據庫,也是最常用的數據庫; 該數據庫收錄了不同物種的蛋白信息,以人類為例, 數據庫中 ...

Mon May 15 18:53:00 CST 2017 0 4360
【4】蛋白質組學鑒定軟件之MSGFPlus

目錄 1.簡介 2.安裝運行 3.結果 1.簡介 MSGF+也是近年來應用得比較多的蛋白鑒定軟件。java寫的,2008年初次發表JPR,2014年升級發表NC,免費開源,持續更新維護,良心軟件。而且,有研究者對不同蛋白質組學鑒定軟件進行比較分析 ...

Sat Aug 29 01:53:00 CST 2020 0 836
【5】蛋白質組學鑒定定量軟件之PD

目錄 1.簡介 2.安裝與配置 3.分析流程 4.結果 1.簡介 PD全稱Proteome Discoverer,是ThermoFisher在2008年推出的商業Windows軟件,沒錯,收費,還不菲。而且主要也是針對他們家的obitrap產出數據 ...

Sat Aug 29 05:33:00 CST 2020 0 1961
【6】蛋白質組學鑒定定量軟件之MaxQuant

目錄 1.簡介 2.下載安裝 3.配置與運行 4.結果 5.Perseus后處理 6.小結 1.簡介 2016年,德國馬普所的Cox和蛋白質組學領域巨擘Matthias Mann合作開發了MaxQuant軟件(MQ),並發表在nbt ...

Sat Aug 29 07:48:00 CST 2020 1 7725
【宏蛋白質組】搜工具簡介與評估

蛋白質數據分析相對較難,不同於常規蛋白質組分析,因為數據庫太大,無法直接進行搜匹配,需要對數據庫進行優化。整理了幾個發表的宏蛋白分析工具。具體效果如何,還需要測試。 1.ProteoStorm 發表:ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics ...

Fri Mar 20 07:00:00 CST 2020 0 1015
蛋白質組學數據的缺失值填充

缺失值填充在數據分析領域的預處理過程繞不過去的一個坎,蛋白質組學也不例外,簡單記錄下,可能有些地方有其特殊之處。 分析缺失值來源:完全隨機缺失(MCAR,如質譜儀抖動,對數據影響無偏好性,均一分布),隨機缺失(MAR,依賴於其他觀測變量,如時間梯度越長采集越可能出現缺失值),非隨機缺失 ...

Sun Jul 19 06:17:00 CST 2020 0 1347
蛋白質組學數據分析——(1)原理

當前,關於高通量蛋白質組學的研究遠不如NGS這般火熱,網上關於這方面的知識也寥寥無幾,從事這一行也有一段時間了,但還沒好好總結過。加之過段時間可能要去做培訓,所以是時候把知識點總結一下,權當復習。當然整個蛋白質組學研究也算紛繁復雜,不可能面面俱到,而且很多東西我也在學習當中,肯定會出現不少紕漏 ...

Thu Jul 18 06:59:00 CST 2019 1 9679
蛋白質結構模建初探

目錄 相關鏈接 蛋白質模建的幾種方法 同源模建 折疊識別 從頭預測 綜合方法 實地操作&預測結果 路線 預測結果 Swiss ...

Fri Apr 17 07:19:00 CST 2020 0 592
 
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