宏蛋白質組數據分析相對較難，不同於常規蛋白質組分析，因為數據庫太大，無法直接進行搜庫匹配，需要對數據庫進行優化。整理了幾個發表的宏蛋白搜庫分析工具。具體效果如何，還需要測試。
1.ProteoStorm
發表：ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics Database Search Framework
Github：https://github.com/miinslin/ProteoStorm
2. MetaPro-IQ
主要針對腸道樣本搜庫的分析策略，采用3步迭代法。沒有打包成工具。
發表：MetaPro-IQ: a universal metaproteomic approach to studying human and mouse gut microbiota
3.diatools
針對DIA腸道菌群數據。
發表：Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry in Metaproteomics of Gut Microbiota—Implementation and Computational Analysis
Github：https://github.com/elolab/diatools
4. Unipept
主要針對下游分析，如物種注釋和功能分析。特點，直接從肽段水平去做物種和功能注釋。
發表：Unipept 4.0: Functional Analysis of Metaproteome Data
工具：https://unipept.ugent.be/
5.MetaProteomeAnalyzer
采用的是兩步搜庫法。
發表：The MetaProteomeAnalyzer: A Powerful Open-Source Software Suite for Metaproteomics Data Analysis and Interpretation
MPA Portable: A Stand-Alone Software Package for Analyzing Metaproteome Samples on the Go
Github：https://github.com/compomics/meta-proteome-analyzer
