根據miRNA Target Prediction in Plants, miRNA並非所有區域都要求嚴格匹配，其中第1位鹼基和第14位以后的鹼基是允許錯配(以miRNA 5'為始)。
miRNA 文件提交不管是U或者T都是可以的
miRNA 靶基因預測我采用了3個工具
1、psRNATarget: A plant Samll RNA Target Analysis Server
進去以后，提交自己miRNA文件，fasta格式，並且提交cds序列，按照默認參數進行預測即可
2、TAPIR: target prediction for plant microRNAs
同樣提交miRNA 文件，以及cds序列，該在線工具序列數必須少於500條，若多余則分批提交
3、psRobot: Plant Small RNA Analysis Toolbox
提交miRNA文件，以及對應的cds序列即可
psRobot除了網頁版工具，還可以在http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/downloads.php下載本地版， 使用方法為:
1 psRobot_tar -s mature.fa -t Araport11_genes.201606.cdna.fasta -o target.gTP 2 ##參數說明 3 -s: 待預測的miRNA 4 -t: 用於搜索的序列 5 -o: 輸出文件 6 -ts: 輸出結果的閾值 7 -fp: 5'后第幾位開始是必要區間(1~2), 默認2 8 -gl: 5'后第幾位開始是必要區間(8~31) 默認是17 9 -gl: 從第幾個鹼基后允許出現gap/bulge, 默認17 10 -gn: 允許存在幾個gap/bulge, 默認1
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