轉載:http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm miRNA自從被發現以來,一直備受關注 ...
miRNA分析 數據過濾 一 miRNA分析 比對 二 根據miRNA Target Prediction in Plants, miRNA並非所有區域都要求嚴格匹配,其中第 位鹼基和第 位以后的鹼基是允許錯配 以miRNA 為始 。 miRNA 文件提交不管是U或者T都是可以的 miRNA 靶基因預測我采用了 個工具 psRNATarget: A plant Samll RNA Target A ...
2020-01-04 21:46 0 2391 推薦指數:
轉載:http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm miRNA自從被發現以來,一直備受關注 ...
轉錄因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因組里很容易出現隨機比對,而且是以position weight matrix (PWM)格式來呈現,說明它的可變性,因此研究motif有哪些binding區域是沒有意義的,因為很難找到一個方法(閾值)來判斷真正的比對和隨機的比對 ...
PrediXcan , SPrediXcan,MetaXcan是近些年基於GWAS后續分析開發出來的工具。 主要功能是在組織和表達的層面預測影響表型的基因,彌補了GWAS只能在基因組層面解釋表型的不足。 下面是這幾個工具的工作流程: 今天給大家介紹一下如何使用SPrediXcan ...
miRNA 數據過濾我使用cutadapt 1 cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCT -m 15 -q 20 --discard-untrimmed -o outname .fa --discard-untrimmed 把reads中不含 ...
miRNA分析--數據過濾(一) 在比對之前為了減少比對時間,將每一個樣本中的reads進行合並,得到fasta格式,其命名規則如下: 樣本_r數子_x數字 r 中的數字表示reads序號; x 中的數字表示該條reads重復次數 比對分為兩條策略 1、根據本物種已有 ...
之前講過預測植物miRNA的一款軟件miR-PREFER, 今天在介紹一款軟件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安裝 在此之前,應安裝一下軟件 Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二級結構預測軟件大禮包) 安裝以上軟件以后 ...
PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool tha ...
http://mirgator.kobic.re.kr/help.html ...