miRNA分析--數據過濾（一）

• miRNA 數據過濾我使用cutadapt

 cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCT -m 15 -q 20 --discard-untrimmed -o outname .fa 

--discard-untrimmed 把reads中不含有adaper的reads去掉

-a 剪切reads 3'端adapter(雙端測序第一條read)，加$表示adapter錨定在reads3'端可找公司要

-g 剪切reads 5'端adapter(雙端測序第一條read)，加$表示adapter錨定在reads 5'端

-q  低質量鹼基

-m readsd短於15時，丟棄該reads

 

• 獲得合適長度的reads

我做的是植物。選擇的miRNA長度為 15-30 bp

可自行寫腳本進行統計

 

• 作圖

用R進行作圖，ggplot

 

 在24 中有一個峰值

 

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