原文:miRNA分析--數據過濾(一)

miRNA 數據過濾我使用cutadapt cutadapt a AGATCGGAAGAGCACACGTCT m q discard untrimmed o outname .fa discard untrimmed 把reads中不含有adaper的reads去掉 a剪切reads 端adapter 雙端測序第一條read ,加 表示adapter錨定在reads 端可找公司要 g剪切read ...

2020-01-04 20:32 0 707 推薦指數:

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miRNA分析--比對(二)

miRNA分析--數據過濾(一) 在比對之前為了減少比對時間,將每一個樣本中的reads進行合並,得到fasta格式,其命名規則如下: 樣本_r數子_x數字 r 中的數字表示reads序號; x 中的數字表示該條reads重復次數 比對分為兩條策略 1、根據本物種已有 ...

Sun Jan 05 05:38:00 CST 2020 1 2159
miRNA分析--靶基因預測(三)

miRNA分析--數據過濾(一) miRNA分析--比對(二) 根據miRNA Target Prediction in Plants, miRNA並非所有區域都要求嚴格匹配,其中第1位鹼基和第14位以后的鹼基是允許錯配(以miRNA 5'為始)。 miRNA 文件提交不管是U ...

Sun Jan 05 05:46:00 CST 2020 0 2391
miRNA幾大常用的數據

1.miRbasehttp://www.mirbase.org/2.miRDBhttp://www.mirdb.org/miRDB/policy.html3.miRandahttp://www.mic ...

Mon Feb 13 21:41:00 CST 2017 0 7912
過濾分析數據

前面都是講解如何獲取適配器信息以及捕獲數據包,從這一節開始講一下WinPcap中更強大的一些特性。本節主要講一下如何利用WinPcap來過濾數據包。在WinPcap中用來過濾數據包的函數有兩個,pcap_compile()和pcap_setfilter()。pcap_compile ...

Mon Mar 12 04:12:00 CST 2012 1 6968
通過logstash過濾分析日志數據

logstash是怎么工作的呢?   Logstash是一個開源的、服務端的數據處理pipeline(管道),它可以接收多個源的數據、然后對它們進行轉換、最終將它們發送到指定類型的目的地。Logstash是通過插件機制實現各種功能的,讀者可以在https://github.com ...

Tue Jan 22 19:34:00 CST 2019 0 4809
miRNA 綜述文章

最近由於看基因組文章看的有點興奮,於是返了個場,學習下micRNA。 下載了一篇自己捯飭的paper,啃了很久還是不是很明白,然后我突然看了一個單詞,vivo,原來只以為vivo就是手機只能照亮你的 ...

Wed Jan 18 23:54:00 CST 2017 0 1570
 
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