miRNA
MicroRNA (miRNA) 是一類內生的、長度約為20-24個核苷酸的小 RNA，其在細胞內具有多種重要的調節作用。每個 miRNA 可以有多個靶基因的表達，而幾個 miRNA 也可以調節同一個基因的表達。據推測，miRNA 調節着人類三分之一的基因。
1、物種
hsa、mmu、rno分別代表人、小鼠、大鼠。
2、類別
mir、MIR、miR分別代表動物未成熟miRNA、植物未成熟miRNA、成熟 RNA。
3、序號
即阿拉伯數字。代表miRNA發現的先后順序。一般情況下，數字越小，發現越早。
4、高度相似miRNA
對於相似度非常高但又不完全相同（如：僅差一兩個鹼基）的成熟miRNA，加上一個英文小寫字母（a,b,c,…）以示區別。
5、不同前體相同序列成熟miRNA
后面添加的阿拉伯數字是指：一些位於基因組不同部位的DNA序列能夠轉錄加工產生同樣的成熟體序列的RNA，為了對其進行區別，在后面加上不同的阿拉伯數字。
6、成熟miRNA產生來源
一些pre-miRNA可以產生兩個mature RNA，在對應pre-miRNA莖環結構5’和3’序列的mature miRNA名稱尾部加上后綴-5p和-3p以示區分，分別表明從前體的5’端臂和3’端臂加工而來的。
7、低表達量miRNA
兩個mature miRNA由同一個pre-miRNA產生，且表達量已知，那么將其中表達量低的mature miRNA尾部加上標識：*。
成熟的miRNA（mature RNA）
由較長的初級轉錄物經過一系列核酸酶的剪切加工而產生的。
初級轉錄物（pri-miRNA）
長度從幾百到幾千個鹼基不等，帶有5’端帽子和3’poly A尾巴，以及一到數個發夾莖環結構。pri-miRNA經剪切產生約70個鹼基的miRNA前體，即pre-miRNA。
miRNA前體（pre-miRNA）
經進一步剪切，形成長度約為22個鹼基的單鏈成熟miRNA。
miRNA數據庫
miRBase http://www.mirbase.org
miRNA的主要公共數據庫，提供miRNA序列，注釋查詢，定位，發卡序列以及命名服務。
microRNA.org http://www.microrna.org/
miRanda數據庫提供了關於人類、果蠅和斑馬魚基因組的microRNA靶目標的預測信息以及miRNA在不同組織的表達譜。
deepBase http://deepbase.sysu.edu.cn/
deepBase從新一代測序技術(深度測序技術，deep-sequencing)數據中注釋和鑒定microRNA，piRNA，siRNA基因及長非編碼RNA基因及其他們的表達模式。
starBase http://starbase.sysu.edu.cn/
starBase 是一個整合多個數據庫的尋找結合位點的網站，提供了各式各樣的可視化界面去探討microRNA的靶標。
targetScan http://www.targetscan.org/vert_70/
TargetScan是比較常用的網站，簡單易懂，通過搜索和每條miRNA種子區域匹配的保守的8mer和7mer位點來預測靶基因，預測miRNA靶標假陽性率較低。
TarBase http://www.tarbase.com/
TarBase數據庫人工搜集了實驗驗證過的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蠅、蠕蟲和斑馬魚中的miRNA的靶基因。
miRanda http://www.microrna.org/microrna/home.do
miRanda是一個miRNA靶基因預測軟件，適用范圍廣泛，不受物種限制，同時提供windows,linux,和macintosh多平台版本，可以下載到本地運行。
RNAhybrid https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/
RNAhybrid是一種用於尋找一條長鏈RNA和一條短鏈RNA的最小配對自由能的工具，基於miRNA-target配對自由能預測microRNA的靶標，主要用作microRNA靶基因預測。
CoGeMiR http://cogemir.tigem.it/
CoGeMiR數據庫總結關於在進化過程中MicroRNA 在不同動物中的保守性。該數據庫搜集已知的和預測的microRNA關於染色體定位、保守性和表達譜方面的信息。
miRNApath http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php
miRNApath是一個關於miRNA、靶基因以及代謝通路的的數據庫。
mirWalk http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/
查找通路中的miRNA以及其靶基因，並且能夠查詢疾病相關miRNA。
miR2Disease http://www.mir2disease.org/
一個手工打造的數據庫,旨在提供一個全面的microRNA對應各種人類疾病的資源。其中的每個條目包含miRNA-disease關系的詳細信息,包括microRNA的ID、疾病名稱、miRNA-disease關系的簡要描述、microRNA在不同疾病狀態的表達模式、microRNA的表達檢測方法、通過實驗驗證microRNA的目標基因和參考文獻。
（來自https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/10171087.html）
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