如何利用HMMER鑒定基因家族成員
通常我們用的都是通過blast比對來確定我們需要的家族成員，首先是比對序列，再次是需要目標物種的蛋白序列，來進行比對，通常比對的時候我們都需要設定e-value值。今天我們來學習一下利用HMMER來鑒定基因家族成員。 1 、利用軟件HMMER進行模型搜索，軟件官網：http ...
原文：基因家族成員鑒定
就基因家族工作做一簡單介紹 基本思路 數據准備 確定好研究的基因家族后 比如：NBS，MADS box etc. ，下面就可以下載相關數據。 所研究物種的基因組序列 genome.fa 所研究物種蛋白序列 pep.fa 所研究物種gff文件 目標基因家族的隱馬科夫模型 or RefSeq 對應基因家族的蛋白序列 對應基因組信息可根據發表文章中提供的路徑進行下載即可 對於隱馬科夫模型可以從Pfam ...
2021-01-31 13:53 0 760 推薦指數：
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