原文:5、預測和鑒定miRNA的靶基因

轉載:http: www.oebiotech.com Article mirnabjyyc.html http: www.ebiotrade.com newsf .htm miRNA自從被發現以來,一直備受關注,儼然已成為非編碼RNA家庭中永不凋零的 玫瑰 。關於miRNA,主要有兩個研究方向,其一是作為biomarker,這方面研究僅需足夠龐大的臨床樣本支撐即可 miRNA的另一研究方向為功能 ...

2017-09-12 11:50 0 8802 推薦指數:

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HOMER | MEME | 轉錄因子的基因預測 | motif富集分析

轉錄因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因組里很容易出現隨機比對,而且是以position weight matrix (PWM)格式來呈現,說明它的可變性,因此研究motif有哪些binding區域是沒有意義的,因為很難找到一個方法(閾值)來判斷真正的比對和隨機的比對 ...

Wed Apr 17 20:49:00 CST 2019 0 4103
基因家族成員鑒定

基因家族工作做一簡單介紹 基本思路 數據准備 確定好研究的基因家族后(比如:NBS,MADS-box etc.),下面就可以下載相關數據。 所研究物種的基因組序列; genome.fa 所研究物種蛋白序列;pep.fa 所研究物種gff文件 目標基因家族 ...

Sun Jan 31 21:53:00 CST 2021 0 760
聯合使用PrediXcan、MetaXcan基於GWAS結果預測基因及特異性組織的表達(又名全轉錄組分析Transcriptome-Wide AnalysisS)

PrediXcan , SPrediXcan,MetaXcan是近些年基於GWAS后續分析開發出來的工具。 主要功能是在組織和表達的層面預測影響表型的基因,彌補了GWAS只能在基因組層面解釋表型的不足。 下面是這幾個工具的工作流程: 今天給大家介紹一下如何使用SPrediXcan ...

Sat Jun 20 05:26:00 CST 2020 4 1376
如何利用HMMER鑒定基因家族成員

通常我們用的都是通過blast比對來確定我們需要的家族成員,首先是比對序列,再次是需要目標物種的蛋白序列,來進行比對,通常比對的時候我們都需要設定e-value值。今天我們來學習一下利用HMMER來鑒定基因家族成員。 1 、利用軟件HMMER進行模型搜索,軟件官網:http ...

Thu Dec 19 05:50:00 CST 2019 0 3339
miRNA預測工具miRDeep-P2

之前講過預測植物miRNA的一款軟件miR-PREFER, 今天在介紹一款軟件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安裝   在此之前,應安裝一下軟件   Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二級結構預測軟件大禮包) 安裝以上軟件以后 ...

Tue Feb 18 00:28:00 CST 2020 2 1550
Assemblytics鑒定基因組間SV

Assemblytics, 發表在Bioinformaticshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27318204,鑒定基因組間SV。 Githup,https://github.com/marianattestad/assemblytics ...

Mon Jan 25 21:11:00 CST 2021 0 347
基於PASA進行基因預測

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool tha ...

Tue Mar 10 23:39:00 CST 2020 0 2124
 
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