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公眾號有位小朋友留言希望我寫一下snpflip的使用。
重新翻了一下之前寫的推文，發現我是用意念寫完的snpflip，總感覺我寫過這個工具的使用了。
因此這里重新補充一下snpflip工具的使用。
關於snpflip的使用背景我就不多介紹了，之前的文章有寫過數據合並，踩不完的坑
下面直接講一下怎么使用。
這個工具安裝和使用都非常簡單，老少皆懂。
第一步：下載、安裝snpflip
wget https://files.pythonhosted.org/packages/5d/58/c4e3427cd307c29c92631f0d2bc0ee599687d1d29019a390d9786ec6a44e/snpflip-0.0.6.tar.gz
tar -zxvf snpflip-0.0.6.tar.gz
第二步：下載參考基因組
wget http://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.gz
gunzip human_g1k_v37.fasta.gz
第三步：校正正負鏈
查找混有正負鏈的SNP:
/snpflip-0.0.6/bin/snpflip -b file.bim -f human_g1k_v37.fasta -o snpflip_output
解釋一下，file.bim就是混有正負鏈的plink文件。
human_g1k_v37.fasta就是第二步生成的參考基因組文件。
snpflip_output就是新生成的文件。
詳細解釋可看推文數據合並，踩不完的坑
統一正負鏈：
plink --file snp_data --flip snpflip_output.reverse --make-bed --out flipgood
snp_data是plink格式的文件
snpflip_output.reverse是上面找出來的負鏈。
如果你手頭的數據不是plink格式的話，這里提供一個將vcf轉化為plink文件的方法：plink --vcf yourfile.vcf --make-bed --out your_prefix
對了，使用這個軟件可能會遇到報錯：ImportError: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version 'GLIBCXX_3.4.21' not found (required by ~/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/pandas/_libs/window.so)
這個報錯的解決方法就是找到滿足'GLIBCXX_3.4.21'的libstdc++.so，然后將滿足條件的libstdc++.so軟連接到自己有權限的文件夾中。最后，export一下有權限的這個文件夾。當然，如果你有root權限的話，就直接軟連接到報錯的libstdc++.so.6路徑中。網上這個報錯的教程很多，請自行搜索。
最后，希望你們能順利的跑完這個軟件。