原文:使用snpflip校正基因組正負鏈

歡迎來到 bio生物信息 的世界 公眾號有位小朋友留言希望我寫一下snpflip的使用。 重新翻了一下之前寫的推文,發現我是用意念寫完的snpflip,總感覺我寫過這個工具的使用了。 因此這里重新補充一下snpflip工具的使用。 關於snpflip的使用背景我就不多介紹了,之前的文章有寫過數據合並,踩不完的坑 下面直接講一下怎么使用。 這個工具安裝和使用都非常簡單,老少皆懂。 第一步:下載 安裝 ...

2020-04-19 17:51 0 643 推薦指數:

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基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
動物基因組與植物基因組基本差異

植物vs動物總結版: 簡述高等植物基因組(可以以擬南芥和水稻基因組為例)與高等動物基因組(可以以人類、果蠅等基因組為例)在基因結構層面展示出來的基本差異。 高等植物基因組與高等動物基因組基因結構上的基本差異主要是生命學的第一困境,即復制-轉錄負載困境。 機制: 1.從平衡流 ...

Fri Dec 20 00:01:00 CST 2019 0 1047
使用BRAKER2進行基因組注釋

來自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2進行基因組注釋 BRAKER2是一個基因組注釋流程,能夠組合GeneMark,AUGUSTUS和轉錄數據。 在使用軟件之前,有幾點需要注意下 盡量提供高質量的基因組。目前隨着三代 ...

Mon Oct 14 21:16:00 CST 2019 0 485
使用 gffread 提取基因組序列信息

需求:提取 1 號染色體的 21856782-21856982 和 43942666-43942866 區間的 fa 序列; 需要准備的test.gff3文件如下所示,第一列是染色體號,第二列和第三列的內容隨意,第四列和第五列是提取的開始位置和終止位置,第六列和第八列內容隨意,第七列是基因組正負 ...

Tue Jan 11 00:03:00 CST 2022 0 1401
如何到NCBI提交基因組

1 步驟和說明 NCBI官方說明 點此處打開提交基因組頁面 以下例子:純菌的基因組草圖用於新菌鑒定。 1.1 提交基因組數據到 NCBI 需要什么? .fsa 格式的基因組數據; fsa 就是用公司返回的 .sqn 的數據改為 .fsa 后綴,里面是 fasta格式 ...

Thu Mar 29 22:38:00 CST 2018 0 6181
NextDenovo 組裝基因組

NextDenovo 是有武漢未來組團隊開發出來用於組裝ONT,Pacbio, HIFI (默認參數可對60-100X數據更有效),可通過correct--assemble對其進行組裝。組裝后, ...

Fri Jan 22 22:52:00 CST 2021 0 456
基因組轉座元件

轉座元件是一類能改變其自身在基因組當中的位置的DNA重復序列,它能夠使得突變產生,也能“逆轉”已有突變,它能改變生物細胞的遺傳屬性和基因組穩定性。1951年,美國冷泉港著名女性細胞遺傳學家Barbara McClintock發表文章“Induction of Instability ...

Wed Jun 17 19:08:00 CST 2020 0 540
 
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