samtools 的使用
主要介绍一下 SAMtools 的用法。它被誉为 NGS 里面的 瑞士军刀，功能很是强大，所以值得好好学习一番。 文档参考 总站 samtools-mannual github-samtools 标准流程 推荐： blog SAMtools: Primer ...
原文：samtools idxstats
有很多种格式来记录mapping的结果，大多数都收录在UCSC的帮助文档中。在mapping之后，如何对mapping的结果进行评估呢 最简单的，就是通过samtools来评估mapping质量了。 samtools idxstats aln.sorted.bam 注意，这一步之前需要经过sort和index。结果会显示： chr chr chr chr chr chr chr chr chr c ...
2015-07-16 11:19 0 1976 推荐指数：
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[SAMtools] 常用指令总结
源自：http://sanwen.net/a/hirxmpo.html samtools是一系列处理bam和sam格式文件的应用程序集合，具有众多的功能。 首先呢，bam和sam文件主要是bwa、bowtie、tophat等序列比对工具产生的，这些软件我们后面会谈到。 软件下载安装： 地址 ...
samtools的用法简介
1.SAM（sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式，当然他可以用于存放未比对的数据 2.AMTools的主要功能如下： vi ...
samtools 安装使用
官网： https://github.com/samtools/samtools https://github.com/samtools/samtools/releases https://github.com/samtools/samtools/blob/develop/INSTALL ...
samtools软件作用
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。以下是常用命令的介绍： view命令的主要功能： 将sam文件转换成bam文件 ...
samtools 使用简述
功能如下： 1、View 主要功能讲sam文件转位bam文件。 涉及的参数： -b 输出bam格式。。默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header。。默认不 ...
samtools和bcftools使用说明
转自：http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行 ...