Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中，Roche454的单端测序读长可以达到400p，经常用于基因组骨架的组装，而Sol ...

一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数：is[默认] or bwtsw，即bwa构建索引的两种算法，两种算法 ...

背景： 1、为什么要从头测序组装基因组？ 基因组是不同表型的遗传基础；获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步；从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组； ...

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件， 能够快速的提取任意区域的序列 用法： samtools fai ...

1. Velvet的安装 Velvet用于基因组的de novo组装，支持各种原始数据，包括Illumina的short reads和454的long reads。 首先下载velvet的安装包， ...

Mothur命令教程从这个页面http://www.mothur.org/wiki/Category:Commands上查阅的所有命令，根据个人理解翻译了一下。个人能力有限，会有不当之处。A-G (查 ...

Mothur命令中文解释——Mothur中文简易教程这些是mothur H-Z的目前所有命令的说明的翻译，第二部分。（使用Ctrl+F搜索你所查命令）参看http://www.mothur.org/w ...