考虑到cnblog不适合基因组领域这种类型的文章， 最终，我自己开通了公众号：碱基矿工，欢迎感兴趣的同学关注！ 也可以关注我的知乎：https://www.zhihu.com/people/y ...

转：https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http ...

主要介绍如何分析RNA-seq 数据 参考文档 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcrip ...

高通量测序技术，就是二代测序，已经成为现代生物学研究的一个较为常规的实验手段。这一技术的发展极大地推动了基因组学，表观基因组学以及翻译组学的研究。RNA-seq 通过测定稳定状态下的RNA样品的序列来 ...

RNA-seq是透过次世代定序的技术来侦测基因表现量的方法，在衡量基因表现量时，若是单纯以map到的read数来计算基因的表现量，在统计上是一件相当不合理事，因为在随机抽样的情况下，序列较长的基因被抽 ...

本文主要介绍如何安装和使用 sra-tools 这个软件，主要用途还是把NGS序列原始数据从 sra 格式转换到 fastq 格式，以便于后续的数据分析。 下载 SRA Toolkit ...

GATK的pipeline使用WDL进行编写 WDL是一种流程管理语言，内置的支持并行，适合编写pipeline 运行wdl脚本需要两步：第一步编辑参数列表对应的json文件，第二步直接运行Cro ...

安装 FastQC FastQC 下载 解压 设置权限 加入到 PATH 测试 应该能看到帮助信息，说明已经安装成功 ...

安装 Picard picard 下载 解压 安装 应该能看到各种信息，用法等，说明 picard 已经安装成功 ...

如何划窗统计测序数据的reads数（depth）：https://blog.csdn.net/shenshenwu666/article/details/80936374 方法1，用samtools ...