GATK--数据预处理,质控,检测变异
版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字。 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Libr ...
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GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化。 软件安装 GATK 简单说明 GATK分析简要流程 所需数据 : ...
近期在测试多样品的WES的过程中发现用HC得到gvcf之后,合并多个样品的gvcf文件的过程中,使用CombineGVCFs的过程中很慢,发现官网推荐使用GenomicsDBImport 用法如下: ...
GATK的pipeline使用WDL进行编写 WDL是一种流程管理语言,内置的支持并行,适合编写pipeline 运行wdl脚本需要两步:第一步编辑参数列表对应的json文件,第二步直接运行Cro ...