原文:PacBio的異構體測序(Iso-Seq)

在真核生物中,大多數基因可以編碼多個蛋白質,這是因為基因經過可變剪接,可產生多個轉錄異構體,從而大大增加了基因組的蛋白編碼潛力。來自同一個基因的可變剪接異構體可能有着明顯不同 甚至拮抗的作用。為了研究基因表達,研究人員利用新一代測序方法研究了生物體各個基因的片段,這種方法通常稱為RNA測序 RNA seq 。短讀長RNA seq的原理是將轉錄本異構體打斷成較小的片段,然后利用生物信息學工具將其重新 ...

2018-09-06 14:56 0 1332 推薦指數:

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Iso-seq 必備基礎

Iso-seq , 全稱叫做 Isoform-sequencing, 是 Pacbio 公司對自己開發的轉錄本測序技術的規范化命名;是利用三代測序長讀長的特點,不打斷轉錄本,直接測序,從而得到全長轉錄本的一種測序技術。 對於iso-seq 的分析而言,必須掌握以下幾個基本概念: 1)ROI ...

Mon Sep 04 22:27:00 CST 2017 0 1725
計算烷烴的同分異構體個數 (結構異構)

  本質上就是一個無標號無根樹帶度數限制的計數問題. 將問題一般化:   求 n 個點的無標號無根樹的個數, 且每個點的度數不超過 m. 烷基 (有根樹)   首先考慮計算烷基的個數 (即有根 ...

Tue Aug 07 05:20:00 CST 2018 0 1595
PacBio全基因組測序和組裝

PacBio公司的業務范圍也就5個(官網): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因組測序應該是PacBio ...

Sun Nov 27 04:15:00 CST 2016 0 1379
測序原理 - PacBio技術資料

手頭有一套完整的PacBio技術資料,會慢慢的總結到博客上。 寫在前面:PacBio公司主要有兩個測序平台一個是RS,一個是最新的Sequel,下面如果沒有指明則是在講RS平台。 SMRT測序技術總覽(SMRT® Sequencing Technology Overview) 首先必須對下面 ...

Tue Dec 06 17:33:00 CST 2016 0 3400
第三代PacBio測序技術的測序原理和讀長

針對PacBio單分子測序——第三代測序技術的測序原理和讀長 DNA基因測序技術從上世紀70年代起,歷經三代技術后,目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術 ...

Tue May 14 04:20:00 CST 2019 0 469
轉錄組測序(RNA-seq)技術

轉錄組是某個物種或者特定細胞類型產生的所有轉錄本的集合。轉錄組研究能夠從整體水 平研究基因功能以及基因結構,揭示特定生物學過程以及疾病發生過程中的分子機理,已廣泛應 用於基礎研究、臨床診斷和葯物研發等領域。基於 Illumina 高通量測序平台的轉錄組測序技術使 能夠在單核苷酸水平 ...

Sun May 12 00:18:00 CST 2019 0 1336
單細胞測序 doublet 二聚

Doublets及其形成的原因單細胞測序期望每個 barcode 標簽下只有一個真實的細胞,但是實際數據中會有兩個或多個細胞共用一個 barcode 的情況,業內稱之為 doublets 或 multiplets(后面統稱為 doublets)。Doublets 形成的原因主要是高通量單細胞測序 ...

Mon Jun 28 00:04:00 CST 2021 0 230
 
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